【CNS前沿文献追踪】– 歪打正着的随机整合促进CART功能

CART疗法取得了阶段性的成功，临床试验取得了喜人的结果！随着对所获取病人样本的深度检测，研究者们从数据中又挖掘出了新的信息！此次整理分享的是一个complete remission的病例 – 从这个病人身上挖掘出了对于CART疗法具有指导意义的信息，具体内容如下：

患者为一78岁男性，患有慢性淋巴细胞白血病（CLL），第一次注射CART发生了细胞因子风暴（CRS），给予IL-6阻断剂后得到缓解，随后又进行了第二次CART注射，第二年骨髓内CLL为阴性，第三年骨髓中仍可检出CART细胞，到第五年CLL并未复发

细节 – 多方法、多角度、长时间：监测血液中CAR基因拷贝数、细胞因子、肿瘤细胞数目，CT在宏观水平上监测肿瘤细胞（支撑文档里还有细胞水平的数据，如CART细胞数目变化曲线、血细胞计数等，略）

对于这个病人来讲CR是个好事情，但对于研究者来讲，还需要挖掘CR背后的事情，所以对TCR进行了测序，发现第二次注射CART后出现了一占比很高的克隆

基因层面确定出现一“强势”克隆，细胞层面检测也确证出现了这一单一的TCR克隆，且是伴随CAR的表达上调出现的

CAR基因都是随机整合进基因组的，以往的病例中并未没有这种“强势”单一克隆出现，因此对克隆多样性随时间的变化进行了分析：120天左右时这一单克隆最高 - 和CART治疗进展存在关联

“强势”克隆的CAR基因整合到了TET2基因片段中

CAR序列的插入使得TET2发生了突变：1978位的谷氨酸变成了谷氨酰胺

 CAR插入引起TET2突变，突变的TET2酶活性降低（调节去甲基化）

TET2参与调节去甲基化，而甲基化参与基因表达的表观调控，因此作者做了测序（ATAC-seq），分析染色质的“可接近性”

表达CAR的细胞（TET2突变细胞）细胞周期、T细胞受体相关基因“打开”

表达CAR的细胞（TET2突变细胞）细胞分化相关基因“关闭”

表达CAR的细胞（TET2突变细胞）细胞因子IFNγ的基因出现“关闭”趋势 

细胞水平检测也证实了ATAC-seq得出的某些基因有“关闭”趋势的结论

对细胞亚型进行分析，发现表达CAR的细胞（TET2突变细胞）分化的确受到了抑制（和ATAC-seq一致），主要为Central memory亚型

验证有病人样本分析出的结论：敲低TET2可重现病人样本细胞分化受限的现象

尽管分化受限，但其接受抗原多次重复刺激后增殖能力变强 

尽管分化受限，但TET2敲低细胞接受抗原多次重复刺激后细胞因子生产能力更强

尽管分化受限，但TET2敲低细胞细胞毒性更强

作者对不同CR病人进行了比较，发现尽管CR这个“结果”相同，但细胞水平上不同个体间实际上是存在差异的 – 很有趣，都是细胞异质性带来的？

跳出来看，这篇文章其实挺“偷懒”的 - 只是把CART临床试验取得的样本进行了又一次挖掘，分析数据，得到初步结论，再返回去测其他指标或者设计小实验进行验证。方法、工具都没什么新奇的，厉害的是人家不被现有概念、定义束缚，充分利用数据、样本的“思维底层”！真的是：技术和发现就在那里，决定高度的是你能看多远！

再发散一下：这篇文章挖掘的是临床试验的数据、样本，其实在医院日常的临床工作中，我们的医生拿到的是数量巨大、背景清晰的人类样本，可目前这些样本只局限用于检测某些疾病相关指标，其他指标并未去挖掘，比如可以测序看基因组、质谱看蛋白质组，将这些指标和病人的背景信息进行关联，从积累的大数据中不知道会得到什么惊喜！

Joseph A. Fraietta, Christopher L. Nobles, Morgan A. Sammons et al. Disruption of TET2 promotes the therapeutic efficacy of CD19-targeted T cells.[J] .Nature, 2018.

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