Nature Genetics：再发文章揭示新的食道鳞状细胞癌易感位点

　　食管癌是世界最常见的六大恶性肿瘤病之一，中国是食管癌（鳞状细胞癌，Esophageal squamous cell carcinoma，ESCC）高发国家，以往的研究揭示了遗传因素和环境因素，如吸烟、酗酒、微量元素缺乏、食源性致癌物等，参与促进食管癌发病。来自中国医学科学院肿瘤研究所林东昕教授联合哈佛大学公共卫生学院等10余家机构的研究人员通过全基因组关联分析鉴别了多个全新的中国人群食管鳞状细胞癌易感位点，并分析了基因-环境相互作用，相关研究论文于2012年9月在线发表在Nature Genetics杂志上。
　　在之前2011年6月发表于Nature Genetics杂志上的研究中，同样是林东昕教授领导的研究小组确认了7个SNP位点的5个染色体区域与食管癌发病相关。其中，位于染色体12q24的3个SNP位点与吸烟或/和饮酒的危险生活方式有显著的基因-环境交互作用。这些染色体易感区域涉及的基因的功能与乙醛和致癌物代谢、细胞增殖与凋亡等相关。
　　本项新研究阐明了食管鳞状细胞癌风险的直接遗传贡献因子，以及通过全基因组基因-环境相互作用分析（genome-wide gene-environment interaction analysis）了与饮酒的相互作用促成食管鳞状细胞癌的遗传因素。研究人员对2,031例食管鳞状细胞癌患者和2,044个对照进行了全基因组关联研究（GWAS），并分析了全基因组基因与环境的互作分析。进而在独立的一组8,092个食管鳞状细胞癌患者和8,620个正常对照中进行了验证。最后确定了9个新的中国人食管鳞状细胞癌易感位点，其中七个分别定位在4q23、16q12.1、17q21、22q12、3q27、17p13 和18p11染色体区域，具有显著的边际效应；另外两个2q22 和13q33染色体区域则只在基因与饮酒相互作用中具有显著相关性。4q23位点内的变异，包括ADH基因簇，每一个与食管鳞状细胞癌风险具有相关性的均与饮酒有显著的相互作用。研究人员还再次确认了已报道的12q24上ALDH2位点与食管鳞状细胞癌的相关性，联合分析显示具有ADH1B和ALDH2风险等位基因的饮酒者相比于没有这些等位基因的饮酒者食管鳞状细胞癌风险增加了4倍。
　　这些这些研究结果推进了对食管鳞状细胞癌发生发展机制的认识，同时也为食管鳞状细胞癌的风险预测、早期预防和治疗以及新型高效药物的筛选具有重要意义，本研究中涉及到的Affymetrix SNP6.0芯片服务在博奥生物有限公司完成。

原文摘要：
Genome-wide association analyses of esophageal squamous cell carcinoma in Chinese identify multiple susceptibility loci and gene-environment interactions
We conducted a genome-wide association study (GWAS) and a genome-wide gene-environment interaction analysis of esophageal squamous-cell carcinoma (ESCC) in 2,031 affected individuals (cases) and 2,044 controls with independent validation in 8,092 cases and 8,620 controls. We identified nine new ESCC susceptibility loci, of which seven, at chromosomes 4q23, 16q12.1, 17q21, 22q12, 3q27, 17p13 and 18p11, had a significant marginal effect (P = 1.78 × 10⁻³⁹ to P = 2.49 × 10⁻¹¹) and two of which, at 2q22 and 13q33, had a significant association only in the gene–alcohol drinking interaction (gene-environment interaction P (P_{G × E}) = 4.39 × 10⁻¹¹ and P_{G × E} = 4.80 × 10⁻⁸, respectively). Variants at the 4q23 locus, which includes the ADH cluster, each had a significant interaction with alcohol drinking in their association with ESCC risk (P_{G × E} = 2.54 × 10⁻⁷ to P_{G × E} = 3.23 × 10⁻²). We confirmed the known association of the ALDH2 locus on 12q24 to ESCC, and a joint analysis showed that drinkers with both of the ADH1B and ALDH2 risk alleles had a fourfold increased risk for ESCC compared to drinkers without these risk alleles. Our results underscore the direct genetic contribution to ESCC risk, as well as the genetic contribution to ESCC through interaction with alcohol consumption.
原文出处：http://www.nature.com/ng/journal/vaop/ncurrent/full/ng.849.html