法国科学家探索NGS、aCGH筛选效益，为I期临床试验患者入组提供指导

LSG

2013/07/01 16:29

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由Andrea Anderson供稿
一个法国研究小组正在探讨通过常规采用下一代测序技术结合阵列比较基因组杂交方式，对晚期癌症个体的肿瘤活检标本进行分子筛选的可行性。该小组的目标是引导这些患者进入针对识别肿瘤发生变化的I期临床试验治疗。
Gustave Roussy研究所的研究人员Antoine Hollebecque上周末在芝加哥的美国临床肿瘤学年会上简要介绍了该治疗的类选法试验，即癌症治疗优化的分子筛选或MOSCATO 01。在演示过程中，Hollebecque也略微谈及本试验的中期结果，该试验于2011年拉开序幕。Hollebecque说，正在进行的MOSCATO项目的成就取决于应用“有目的性”的活检，以捕捉少量晚期实体瘤个体的原发性或转移性肿瘤组织，特别是对那些在接受多种标准癌症治疗后经历了癌症进展的个体。
根据给定标本中存在的肿瘤细胞的比例，小组成员正提取肿瘤活检标本的DNA以进行一种或多种形式的分子分析。对于由30%或以上的肿瘤细胞组成的标本，该小组采用了Life Technologies的Ion AmpliSeq癌症热点基因面板进行靶向测序。对于由至少一半以上的肿瘤细胞组成的标本，则对给定标本进行的分析应包括CGH微阵列分析——一种追踪染色体变化的技术。
在每周肿瘤委员会的讨论会上，Hollebecque解释说，一组临床医生、生物学家和生物信息学家对每例个体肿瘤中已识别到的基因组变化进行了审查，以确定其是否包含可能受到现有或实验性治疗影响的特定突变。其中，MOSCATO研究者对已接受或未接受靶向治疗（如根据患者肿瘤的基因组模式而选用的I期临床试验）的无进展生存模式进行了跟踪。对于接受靶向疗法的每例个体，可以将无进展生存期与最近的至进展时间、患者接受的非靶向治疗进行比较。
Gustave Roussy研究所MOSCATO 01项目首席研究者Jean-Charles Soria在一封电子邮件中对《临床测序新闻》说，本临床试验的动机旨在为I期患者提供一种“分子治疗类选法”。研究小组的努力旨在检验这一概念，即以基因组学为基础的靶向治疗可为至少四分之一的入选个体提供临床受益，这与当前考虑中的晚期癌症患者组所出现的不良后果相比，有了较大改善。
截至目前，在MOSCATO项目所入选的129例癌症患者中，研究人员已经可以使用112例个体的活检材料。所有参与本研究的个体均在接受一或多次现有一线药物治疗后出现了癌症进展。
Hollebecque说，该小组已经采用Life Technologies公司的Ion AmpliSeq癌症热点基因突变面板通过下一代测序对98例接受活检个体的标本进行了检测。对于其中的94例，研究人员还采用Agilent（安捷伦）阵列通过aCGH寻找到了染色体水平的改变。本研究的全部分子分析均在Gustave Roussy研究所内完成。到目前为止，已在53例个体中发现起作用的突变——占已接受肿瘤活检的晚期癌症患者的一半。
Hollebecque指出，在采用aCGH检测的标本中，有近四分之三出现了明显起作用的突变。另一方面，研究人员发现，仅通过靶向基因测序就有近28%的标本出现了最引人关注的遗传变异。目前，本研究中活检和分子靶向识别之间的中位时间为21天。其中，所发现的最常见的突变是对成纤维细胞生长因子及其受体的编码基因造成影响的突变。EGFR、HER2以及细胞周期调节蛋白（cyclin）和PTEN/PI3K/AKT/mTOR途径的成员的基因突变也较为常见。
研究人员已经能够在129例的33例中，将患者与基于活检肿瘤标本突变模式的靶向治疗进行匹配。Soria指出，虽然大多数带有可靶向突变的患者入选了Gustave Roussy研究所目前正在进行的57项I期临床试验中的一项，但其中只有少数病例涉及适用于其他癌症类型的现有治疗的药品核准标示外使用的情况。
Soria认为，虽然部分已证实的DNA结构变化仍然不起作用，但在大多数情况下，将带有临床相关基因突变的患者与适当的靶向治疗I期临床试验相匹配一直是相当容易的。但也有可能存在十分棘手的情况，即为肿瘤中含有多个明显起作用的基因突变的个体选择最适当的治疗方法。例如，在MOSCATO研究中，研究人员已经遇到了多达5个相关靶点的患者。
该小组对接受基因组学指导性治疗的首25例个体的初步随访显示，至少有5例对治疗出现了部分反应。另有14例病情稳定，而25例患者中有3例出现进展性疾病。截至目前，Hollebecque、Soria及其同事根据其研究结果得出如下结论：可以将高通量分子分析引入临床护理，特别是I期临床试验治疗过程中带有适当基因组变化的个体，这意味着治疗需要针对这些变化进行。
鉴于所有新加入个体的I期临床试验的部分缓解率通常在7%至10%之间，该小组在ASCO会议上MOSCATO演示随附的摘要中指出，源于更多分子靶向试验入选的I期临床试验，部分缓解率目前接近20%。
该小组计划评估至少900例正在努力接受治疗的癌症晚期个体，预计将在2015年秋季完成。Soria指出，还将对独特的儿科队列进行测试。
展望未来，MOSCATO项目组成员将格外关注寻求方法以产生更深层次的序列数据，从而对患者肿瘤的拷贝数模式进行评估。此外，他们还可能在本研究设置内尝试进行患者肿瘤标本的全外显子组测序。
Soria指出，法国的第二代个性化临床试验将涉及更广泛的国家级研究，类似于在称为SAFIR的法国研究中所取得的成果。
本周在芝加哥举行的ASCO会议上，Gustave Roussy研究所和其他几个法国研究中心的研究人员提交了SAFIR研究I期阶段的信息，即SAFIR01。这项前瞻性的试验旨在采用分子分析解决靶向治疗I期和II期临床试验转移性乳腺癌的汇集个体的可能性。其中，研究设计取决于通过活检检测出晚期肿瘤标本的遗传变异的发现情况。为证实SAFIR01的成果，研究人员已尝试对逾400例转移性乳腺癌个体的标本进行测试，这将把转移性肿瘤活检标本的aCGH分析与PIK3CA和AKT基因延伸片段的Sanger测序相结合。
SAFIR01研究人员在ASCO会议上提交的研究结果表明，虽然低肿瘤细胞表达阻止了其希望进行检验的约四分之一的转移性活检标本的基因组测试，但这对转移性组织的分子测试而言，仍不失为一种提高靶向治疗率的有效可行手段。
SAFIR第一阶段的数据采集定于明年春天结束。小组成员计划于今年夏天的某个时候开展一项相关研究，即称为SAFIR02的随机试验。对于采用下一代测序和其他基因组分析方法以便指导癌症患者进行更常规的治疗而言，MOSCATO和SAFIR研究的成员并非关注这一领域的唯一研究人员。例如，在ASCO的另一个研讨会上，几个研究小组的代表简要介绍了在某些情况下采用分子分析方法（包括测序）进行治疗的方案，以将胶质瘤患者引入适当的靶向治疗试验。而在过去的几年，美国的几家研究中心已进军患有罕见疾病、晚期癌症及/或确诊为先天性疾病等患者的临床测序领域（请参阅CSN 5/29/2013、CSN 3/6/2013、CSN 1/2/2013、CSN 10/3/2012、CSN 3/7/2012和CSN 2/29/2012）。

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