范欣, 肖盟, 徐志鹏, 张戈，陈欣欣，徐英春. （中国医学科学院　北京协和医学院北京协和医院检验科） 国产基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱系统Clin－TOF－Ⅱ MS与Bruker Biotyper质谱系统在革兰阴性菌的鉴定效能评估 [J]. 中华检验医学杂志,2017,40( 1 ): 41-45. DOI: 10.3760/cma.j.issn.1009-9158.2017.01.009  编者按北京毅新博创生物科技有限公司是国内首家自主研发临床质谱的企业，也是第一家国产质谱走出国门走向世界的企业。该公司研发的clin-tof质谱系统是国内第一个通过CFDA认证的质谱系统。本文节选北京协和医院检验科徐英春主任最新发表在《中华检验医学杂志》上的研究论文，该研究验证了国产Clin-TOF质谱系统在革兰阴性菌方面的鉴定能力与Bruker质谱系统相当，都有非常好的鉴定效能。 该研究旨在评估国产基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱系统Clin－TOF－Ⅱ型仪器及其搭载的BioExplorer V2.3鉴定数据库(简称Clin－TOF质谱系统)对革兰阴性菌的鉴定效能。共纳入1999至2000年及2014至2016年北京协和医院革兰阴性菌1025株，分属32个属，56个种或种复合体。其中，肠杆菌科细菌覆盖13个菌属；非发酵菌覆盖7个菌属；以及其他12个菌属的少见革兰阴性菌。另外，该研究纳入了临床常用的革兰阴性ATCC标准菌株，包括大肠埃希菌ATCC 8739、ATCC35218、ATCC25922、流感嗜血杆菌ATCC 49247、ATCC 49766、铜绿假单胞菌ATCC 27853。对照方法为Bruker Biotyper质谱系统：Bruker Autoflex Speed型号仪器及其搭载的Biotyper v3.1数据库(简称Bruker质谱系统)。采用直接涂抹法平行使用2套质谱系统对研究纳入菌株进行菌种鉴定。结果显示，Clin－TOF质谱系统准确鉴定率为98.05%(1 005/1 025)。该研究表明国产Clin－TOF质谱系统在鉴定革兰阴性菌方面有临床效能。 1.鉴定准确性Clin-TOF质谱系统临床菌株准确鉴定率为98.05%（1 005/1025）。2.肠肝菌科细菌对于689株肠杆菌科细菌来讲，包括埃希菌属、克雷伯菌属、肠杆菌属、沙雷菌属、枸橼酸杆菌属、变形杆菌属、摩根菌属、沙门菌属、普罗威斯登菌属、柔特勒菌属、多源菌属等，Clin-TOF质谱系统能够准确鉴定98.98%（682/689）的肠杆菌科细菌。3.非发酵菌对于306株非发酵菌，包括假单胞菌属、不动杆菌属、无色杆菌属、窄食单胞菌属、金黄杆菌属、莫拉菌属、产碱杆菌属等，Clin-TOF质谱鉴定系统准确鉴定率达到97.71%（299/306）。4.少见革兰阴性菌该研究纳入的30株少见格兰阴性菌，包括苍白杆菌属、伊金菌属、嗜血杆菌属、气单胞菌属、罗尔斯通菌属、勒克菌属、巴斯德菌属等。Clin-TOF质谱系统准确鉴定率为80%（24/30）。 Clin-tof质谱系统搭载的最新的BioExplorerV2.3数据库是我国自主研发建立的数据库，因此对我国临床病原菌鉴定有一定的针对性。Clin－TOF质谱系统与Bruker质谱系统的鉴定准确率均为98%以上， 国产clin-tof质谱系统在革兰阴性菌方面的鉴定能力与bruker质谱系统相当，都有非常好的鉴定效能。 Clin－TOF质谱系统简介Clin－TOF飞行时间质谱系统由国内首家自主研发临床质谱的企业——北京毅新博创生物科技有限公司生产。该公司的Clin－TOF－Ⅰ质谱系统于2012年即通过了欧盟 CE IVD 认证和美国FDA 认证，2014 年通过中国 CFDA 认证 。Clin－TOF－Ⅱ 临床质谱仪于 2016 年通过欧盟 CE IVD 认证，具有1200mm长度的飞行管，因此，比Clin－TOF－Ⅰ（飞行管长度800mm）具有更高的灵敏度、分辨率和精准度：在蛋白组学、基因组学应用基础上，拓展了微生物组学应用领域，拥有超过370属、2200种、7900株的微生物谱库，可对临床样本或培养后临床样本进行细菌、真菌、分支杆菌鉴定。Clin－TOF临床质谱仪，在蛋白组学研究方面，可进行生物样品的蛋白、多肽及蛋白糖基化修饰检测，是蛋白组学研究的有效技术手段；在基因组学研究方面，直接以核酸片段的分子量为标记，对核酸进行精确的定性定量分析，适用于各种类型的SNP基因型核酸分析实验，可用于肿瘤ctDNA、药物基因、遗传代谢疾病基因检测。Clin－TOF质谱系统是目前应用质谱技术对疾病蛋白质组、基因组、微生物组进行全方位研究的先进技术平台。 Clin－TOF质谱系统特点Clin－TOF飞行时间质谱系统具有功能多样及高通量的特点，可实现蛋白质及多肽检测、核酸检测、微生物检测多种功能，且具有快速检测大样本量标本的特点，该系统适合应用于临床检验项目。不同分析目标要求不同的样品处理及研究方法。疾病蛋白质组研究：样品（体液/组织/细胞）中的蛋白、多肽提取（液相色谱/固相芯片/液相芯片）→质谱检测→软件分析图谱→多肽鉴定→临床模型建立。基因组学研究：样品中的DNA提取→PCR扩增→SAP消化→单碱基延伸→树脂纯化、上样→质谱检测→核酸分型。微生物组学研究：菌种分离→菌种培养→样本提取、上样→质谱检测→微生物谱库检索、鉴定。

科技日报讯  2017年1月22日，在中关村医学工程转化中心主导下，北京毅新博创生物科技有限公司董事长马庆伟与中关村医学工程转化中心邹颖副主任、重庆涪商投资控股集团股份有限公司李建伟执行总裁签署了三方合作谅解备忘录，依托中关村医学工程转化中心，与地方政府合作，建立质谱科研转化产业投资基金，带动整个质谱业界机构共筑生态，在毅新国产质谱平台进行科研和临床合作。依据备忘录精神，毅新博创生物科技有限公司和中关村医学工程转化产业投资基金合作成立毅新重庆子公司。毅新博创公司将以自己的科技成果入股，中关村医学工程转化产业投资基金为投资主体。成立后的毅新重庆子公司作为毅新博创质谱仪生产销售企业，将主要致力于毅新博创质谱仪和其他研发产品的产业化。毅新博创公司自主研发的飞行时间质谱系统是国内首家获得国家药监局 注册证书的国产质谱产品，先后与北京协和肿瘤医院、301医院，北京大学口腔医院等单位合作开展基于CLIN-TOF 质谱技术的研究，合作发表SCI论文累计超过20篇，累计申请发明专利60余项，共获得授权32项，申请3项国际PCT专利，20项耳聋试剂盒获批国家药监局“创新医疗器械”，5项产品／服务获北京市新技术新产品认证。这次合作成功得益于中关村医学工程转化中心的强大优势资源整合能力，助力建立质谱专业的科技转化平台，使得质谱仪技术、软件、试剂、数据库技术资源得以集聚，是中关村医学工程转化中心打造专业领域技术转化的又一成功案例。

编者按第二届生命组学与精准医学大会已于2016年12月24日完美落幕。今日小编给大家分享的是Science专刊精彩论文——《Application of MALDI-TOF mass spectrometry for identifying clinical microorganisms》。论文简介基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）技术被应用于微生物分析检测是从2002年诺贝尔化学奖授予对“生物大分子的质谱分析法”研究具有贡献的约翰·芬恩与田中耕一后开始发展起来的，近年来，该技术由于其快速准确等优势在一些临床微生物实验室已经被应用于常规鉴定。MALDI-TOF MS不但可用于鉴定细菌、真菌，也可用于检测直接临床样本（血培养样本、尿液样本等）。MALDI-TOF MS鉴定微生物系统鉴定微生物是通过采集其蛋白指纹图谱并与标准数据库比对，利用软件分析得到鉴定结果。该系统鉴定的高准确率主要依赖于微生物处理试剂盒，标准数据库，以及分析软件等。Clin-ToF微生物鉴定系统配套的微生物前处理试剂盒可用于不同微生物，具有良好的裂解效果，适用于各类微生物鉴定MALDI-TOF MS系统，提高了鉴定的准确度；收集了多个领域不同来源的7000多株菌建立起庞大的微生物蛋白指纹图谱数据库，共涉及370属2200种微生物；鉴定分析软件结合人工智能算法使鉴定结果更为精准。对于临床常见致病菌鉴定准确率可达98%以上，此外在对龋齿相关的链球菌、乳杆菌等细菌也有良好的检测效果。

GenomeWeb报道近日，美国 Biodesix公司宣布和北京毅新博创生物科技有限公司（Bioyong Technology Company Inc）达成全面战略合作协议，从而进驻中国市场。Bioyong将开发和商业化Biodesix的VeriStrat多肽组质谱检测，用于非小细胞肺癌（NSCLC）患者的临床精确医学诊断。Bioyong将在其临床TOF基质辅助激光解吸和电离（MALDI）质谱平台上执行Biodesix的VeriStrat测试版本。两家公司还将合作开发肿瘤学和其他临床领域的新的基于质谱仪的分析。  

导读非小细胞肺癌（NSCLC）和大肠癌是常见的恶性肿瘤，随着基因检测技术的不断发展，KRAS基因突变检测技术逐渐被运用到癌症检测和临床治疗。KRAS基因突变检测是目前癌症患者在使用靶向药物治疗前必做的检测项目。根据患者的基因突变情况不同，可以筛选出对靶向治疗敏感和耐药的人群，从而制定更个性化的治疗方案，既节省了大量的医疗资源，又提高了治疗的有效性和合理性。本文对现今分子临床诊断中的最先进的12种KRAS突变检测技术做了一个评估对比，结果显示，不同的KRAS检测方法，相应的灵敏度不同（如图1）表1 中列举每种技术和方法的特点和优势 结论在本研究中可以看到，质谱检测相对于测序检测而言，存在着可以明显读出密码子突变类型的优点。MALDI-TOF方法在KRAS突变检测中具有灵敏度高、准确度高、分辨率高、质量范围广及速度快等特点，在操作上制样简单、可微量化、大规模检测。MALDI-TOF将逐渐成为一种具有潜力的高通量、自动化基因分型的金方法。

　　1月9日，美国Biodesix公司宣布与北京毅新博创生物科技有限公司(Bioyong Technology Company Ltd.)签署一项国际合作协议。双方将合作在大中华区开发并商业化推广一款搭配MALDI质谱的VeriStrat®测试方法，用于非小细胞肺癌(NSCLC)患者的精确医学诊断，并有望拓展到亚洲其他国家。　　Bioyong将在其临床TOF基质辅助激光解吸和电离(MALDI)质谱平台上执行他们的VeriStrat®测试版本。基于质谱仪分析，两家公司还将合作开发应用于肿瘤学和其他临床领域的检测方法。　　双方的合作需要Biodesix将其独有的MALDI方法进行重大技术转让，并在中国市场开发他们的商业测试。 Bioyong将在其领域内对VeriStrat®测试版本的开发、临床验证、监管批准和商业化进行投资，双方还将携手推进MALDI的临床应用。 为此，Bioyong将在合作期间向Biodesix支付约3800万美元。　　有分析数据指出，预计到2020年全球将有85万个新的肺癌病例，中国约占全球新发病例的37%。Biodesix首席执行官David Brunel表示：“癌症是一个全球性问题，患者及其医生都需要基于精确医学的癌症治疗，以及多变量分子和蛋白组学检测提供的全方位生物信息治疗选择。通过与Bioyong合作，我们正朝着使技术可以用于世界上大部分肺癌患者的方向迈出重要一步。”　　Bioyong创始人兼董事长马庆伟博士说：“我们很高兴与Biodesix合作，为大中华地区的患者提供VeriStrat®测试版本，甚至在此基础上实现超越。 Bioyong期待通过在质谱临床应用领域拥有的领导地位，帮助医生做出更明智的治疗决定，为患有肺癌的患者提供更好的康复和预后的可能性。”　　关于VeriStrat®测试　　Biodesix'VeriStrat®测试是一种用于非小细胞肺癌患者的预测性和预后性基于血液的蛋白质组学试验。该测试将患者分类为VeriStrat-Good或VeriStrat-Poor，通过表征宿主对肿瘤的反应来评估疾病侵袭性。　　关于Biodesix　　Biodesix是一家分子诊断公司，推动肿瘤学创新性血液检测的开发，以实现精确医学诊断。 Biodesix致力于开发和商业化多变量蛋白质和基因组诊断血液测试，包括GeneStrat®和VeriStrat®测试，在72小时内提供结果。该公司正在改变护理标准，为医生提供更好的治疗指导、更准确的预后和增强的疾病监测的诊断测试，以改善患者的预后。在精准医学的最前沿，Biodesix正在开发新的血液检测，以鉴定可能从免疫治疗中获益的患者。除了独立开发新的诊断外，公司还与生物技术和制药公司合作，开发与治疗剂一起使用的伴随诊断。　　关于Bioyong　　北京毅新博创生物科技有限公司成立于2008年，由国家“千人计划”张教授领军，公司拥有PacBio RS II三代测序平台，MassARRAY 核酸质谱平台，Q Exactive蛋白组鉴定质谱平台以及Clin-TOF多肽指纹图谱鉴定平台，专注于优生优育基因检测、个体化医疗基因检测、感染与传染疾病快速检测、疾病多肽标志物检测等方向的研究。2014年6月，毅新博创公司自主研发的飞行时间质谱系统Clin-ToF获得国家食品药品监督管理总局的注册证书，2016年该技术成果通过了中国分析测试协会组织业内专家的鉴定。目前，该产品已先后与北京协和肿瘤医院、301医院，北京大学口腔医院等单位达成合作。

第二届生命组学与精准医学大会暨Science专刊发布会将于2016年12月23-24日在北京国际会议中心召开。大会邀请到行业各专家学者，小编今天给大家介绍的是本次大会主席——北京大学医学部主任詹启敏院士。● ● ●  詹启敏院士大会主席“中国工程院院士，北京大学医学部主任，分子肿瘤学国家重点实验室主任。教育部长江学者，国家杰出青年基金获得者，新世纪百千万人才工程国家级人选，国家自然科学基金委创新群体首席专家，国家973重大基础研究项目首席科学家，享受国务院政府特殊津贴。詹启敏院士长期致力于肿瘤分子生物学和肿瘤转化医学研究，在细胞周期调控、基因组稳定性和细胞癌变机制研究中取得原创性和系统性成果。在国际上率先发现和系统揭示了细胞周期监测点关键蛋白的作用和机制，阐明多个重要细胞周期调控蛋白在细胞癌变和肿瘤诊断与个体化治疗中的作用。近年来，在基因组水平全面系统的揭示了食管鳞癌的遗传突变背景，为了解食管鳞癌的发病机理、寻找食管鳞癌诊断的分子标志物、确定研发临床治疗的药物靶点以及制定有效治疗方案提供了理论和实验依据。发现及鉴定了一批参与细胞周期调控、肿瘤发生及转移相关的lncRNA，并对其功能和作用机制进行了深入研究。至今已在国际医学生物学和肿瘤学杂志上发表SCI论文200余篇， SCI他引12000多次。主编和主译著作5部。报告题目：聚焦精准医学、推动健康发展“报告摘要：精准医学是现代医学发展的必然，更是公众对医疗健康需求。精准医学的内涵主要是应用现代遗传技术（基因组、蛋白质组、代谢组、肠道微生物组学）、分子影像技术、分子病理、生物信息技术，结合患者生活环境和临床数据，实现精准的疾病分类和诊断，制定具有个性化的疾病预防和诊疗方案。这种医疗模式将为病人提供“量体裁衣”式的最佳治疗方案，从目前较为“粗线条”的诊疗模式到针对不同病人精准分析找出更为安全有效的诊疗方案，以期达到治疗效果最大化和损伤、副作用最小化。应该说，精准医学的发展开启了个性化医疗时代，极大的推动个性化诊疗的快速发展，并将改变很多疾病现有的诊断和分类方法。精准个性化诊疗发展将使得我们能够针对每一个病人的个体特征，定制和实施医疗决策，实现“合适的病人、合适的时间、合适的治疗”。在精准医学领域的发展，应结合我国疾病防治的需求，聚焦个性化诊疗，充分利用我国丰富的临床资源，加强临床和现场大数据整合。精准医学的发展，将大幅度提高我国临床诊疗的技术水平，惠及民众，推动医疗改革，降低医疗负担，催生新兴生物医药产业，产生巨大社会经济效益，推动健康中国的建设。12月23日周五詹院士将于12月23日第二届生命组学与精准医学大会上与大家分享他的报告《聚焦精准医学、推动健康发展》，欢迎莅临！ 

基本信息会议报到:2016年12月22日全天会议时间: 2016年12月23-24日会议地点: 北京国际会议中心组织机构主办单位   Science杂志       北京化工大学生命科学与技术学院中国生物化学与分子生物学会临床应用生物化学与分子生物学分会中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO) 中国医师协会检验医师分会中国医学装备协会采购与管理分会中国医师协会检验医师分会精准检测与精准诊断专家委员会协办单位   中国生物技术创新服务联盟     北京市临床质谱国际科研合作示范基地              中关村生物质谱转化医学开放实验室   大会征文u征文范围       基因组学、蛋白组学、代谢组学、糖基组学及质谱影像学、其他相关组学研究内容u写作指南      论著、经验总结、综述和评论性文章均可，评奖入围论文必须是未公开发表过的论文摘要，原始论 文全文及摘要均可（论文全文优先录取），以中文书写，采用MS Word 格式进行编辑。 摘要字数约500字，最多包含两张图。论文及摘要中应包括以下信息：论文题目  作者姓名、单位名称、邮政地址、电子邮件地址、电话和传真号码  其他作者的姓名和工作单位  通讯作者的联系方式  如是国家或省部委资助项目，请注明项目名称、基金来源及项目批准号、研究成果的意义、主要内容、创新点、研究方法和实验结果  u提交方式  请以附件的形式通过电子邮件发送至：lunwen@bioyong.com。u文章评审      论文及摘要经大会组委会组织相关专家评审后确定是否录用。 文章提交截止日期：2016年12月10日 24:00，摘要录用通知将于2016年12月15日前发出。 文章经评审录用后将于会议论文集上进行发表。针对本次录用的文章也会设置一定奖项。 主要议程拟邀嘉宾会议注册