在全球十大生命科学中，有的擅长深耕药品治疗之路，有的擅长开拓器械治疗之路，还有的是致力于诊断工具的研究。根据最新统计：截止至2月24日，全球共有14家药企市值在千亿美元以上，其中强生以2879.83亿美元位列第一，罗氏以2192.63亿美元排名第二。　　毋庸置疑，行业龙头公司背后的故事皆是精彩万分，跌宕起伏。若是将“诊断——治疗”联系在一起，最传奇的莫过于拥有120多年历史的瑞士制药巨头——罗氏控股集团。它从化工日用品、大众保健品、仿制药起家，如今已经俨然成为行业的领军者。　　罗氏的成长策略　　近日，国内外诊断圈传着一个不争的事实：罗氏正在洽谈三代测序公司Pacific Biosciences，意欲夯实其在基因测序领域的地位。虽然事件尚未最终公布，但此交易一旦达成，更是奠定了罗氏在生命科学产业的龙头地位。本文笔者带你回顾罗氏近几年来关键性的交易。　　罗氏公司诊断与制药排名　　2009年：罗氏468亿美元鲸吞基因泰克 成为美国第7大药企　　7年前，当瑞士巨头斥资468亿美元收购基因泰克44%的股份以掌握了后者100%股权时，业内对这起并购的评价是：人才资本流失是最大风险。然而这么多年过去了，我们看到罗氏的三大热销产品阿瓦斯丁、赫赛汀和Rituxan均来自基因泰克。在一网打尽基因泰克新产品之后，罗氏成为了生物制药、抗肿瘤药和诊断领域的全球第一;更让业内羡慕不已的是，罗氏通过并购，实现了人、财、物、名多赢。　　2013年：罗氏并购illumina，遭遇 “毒丸计划”，关闭454　　2005年底，454推出第一个基于焦磷酸测序原理的高通量基因组测序系统Genome Sequencer 20 System成为核酸测序技术发展史上里程碑式的事件;于是在2007年，罗氏以1.55亿美元现金和股票从CuraGen收购了开创“边合成边测序” 先河的454;并在此后的几年里，罗氏凭借454成为二代测序市场的佼佼者之一。不过在2013年，新上市的测序仪(如Illumina的MiSeq和LifeTechnologies的IonTorrent系统)对454技术带来沉重的打击，罗氏宣布关闭454，并裁掉约100名员工。　　2013年，罗氏向Illumina发起收购要约历经1年多的时间，被Illumina公司使用“毒丸计划”败北;此外还有报道称罗氏暗中与Sigma-Aldrich联手竞购Life Technologies;尽管最终出价一样，但赛默飞全现金支付赢得了Life Technologies。　　连续受挫的罗氏预计到科研DNA测序技术将转向医学诊断应用，坚信还有其它接近基因测序科技的替代选择，并继续活跃在测序市场上。同年9月，罗氏与Pacific Biosciences公司签订7500万美元协议，以PacBio的SMRT技术为基础开发诊断产品。PacBio测序技术带来了前所未有的读长、准确性和速度，适合临床诊断中以测序为基础的应用开发。　　2016年：罗氏能否并购Pacific Biosciences?　　经过120年的发展，罗氏在众多领域已成为全球的领先者，如全球诊断领域排名第一、全球肿瘤领域排名第一、移植学和病毒学领域的领先者、全球生物科技领域排名第二。在漫长的发展过程中，罗氏对相关行业中的领先企业果断出手进行并购，为罗氏成就今天的地位发挥了重要作用。下表为1990年代以来罗氏的并购不完全名单。　　2016年新年伊始，行业人士透露罗氏正在接触美国生物技术公司Pacific Biosciences，讨论收购事宜，后者专注于开发和制造基因测序系统，其2015年前九个月的收入约5700万美元。　　早在2013年，罗氏曾与Pacific Biosciences达成过一项合作协议，以开发和销售采用Pacific Biosciences的先进基因技术的诊断产品。2015年，罗氏投资了纳米孔测序公司Stratos Genomics以及开发肿瘤软件的Flatiron Health公司。　　2015年10月，Pacific Biosciences推出小型化的三代单分子测序仪Seqeul之后，股票狂涨了近3倍，是所有测序相关公司中涨幅最大的，从侧面反应出，未来第三代单分子测序技术在临床上的应用将是测序领域市场一个很重要风向标。　　编辑补充：　　PacBio平台和NGS平台更多的是一种互为补充的关系，NGS可以获得更多的数据量，而PacBio可以获得更多的信息量。罗氏收购Pacific Biosciences能否成功，让我们拭目以待!

　　罗氏公司于2015年8月19日宣布，同意收购Kapa公司的生物系统，包括Kapa公司重点开发的新一代测序(NGS)酶的优化技术，聚合酶链式反应(PCR)和实时PCR技术的应用程序。　　根据罗氏所说，Kapa公司的蛋白质工程技术可以定制和允许大量的酶变体的产生与筛选。　　“特定的应用程序可以快速选择改进性能的定制酶，加快产品开发进度，”罗氏诊断首席运营官Roland Diggelmann解释说。“Kapa公司拥有包括新型DNA聚合酶在内的令人钦佩的NGS试剂，可以提高整个测序工作流程的效率。”　　Roland Diggelmann补充道，Kapa公司的技术和产品可以补充罗氏现有的技术和产品，例如NGS目标富集产品。 

在利用 RNA 测序技术进行基因表达分析的时候，您是否因为需要的测序量太大而苦恼呢？是否因为对于目标区域的测序深度不够而一筹莫展呢？现在开始，携手罗氏，您的 RNA 测序将进入新的时代！罗氏 NimbleGen 序列捕获家族的新成员 SeqCap RNA 系列产品，通过对目标 RNA 区域的靶向富集能够显著降低 RNA-seq 对于测序量的要求并极大增加低表达转录本的覆盖度， 大大降低您进行基因表达相关研究的成本。除此之外，SeqCap RNA 序列富集系统还具有以下优势：简化实验流程—— 样本制备过程无需Poly A富集或rRNA去除步骤，SeqCap RNA 直接针对您关注的编码或非编码区进行富集。 大大降低样本起始量—— 您可以用低至 10ng 的总 RNA 开始实验。 更大的实验灵活度—— 该方法适用于多种实验设计方案，从小 panel 分析到全转录组分析，或其他如 lncRNA 测序的设计。 降低对测序量的要求——举例来说，一个包含 250 个基因的测序项目，使用 SeqCap RNA 进行靶向富集后，您可以少用 50X 的测序深度来达到和传统RNA－seq 相当的检测精确度和灵敏度。通过把测序 reads 集中在您的目标区域和非管家基因上，增加对于低丰度转录本和异构体的定量能力及检测效率，让您的 reads 物尽其用。您在实验过程中是否对以上列出的各种优势有所需求呢？如果感兴趣的话，您可以从罗氏技术专家处获得用 SeqCap RNA 技术发表的文献资料，我们也将随时回答您的各种技术问题。*本文所有数据均来自罗氏NimbleGen总部*NIMBLEGEN SEQCAP为罗氏注册商标*仅用于生命科学研究，不用于诊断更多信息请点击相关链接（http://www.nimblegen.com/products/seqcap/rna-system/index.html）

据国家卫生和计划生育委员会通报，广东省惠州市出现首例输入性中东呼吸综合征确诊病例，患者为韩国确认病例密切接触者。这位中东呼吸综合征（简称：MERS CoV）的韩国患者，5月26日乘飞机到香港，再坐直通巴士往广东惠州。截止2015年5月29日，香港特区政府卫生防护中心初步锁定至少193名密切接触者，国内密切接触者目前追踪至64人，目前暂未出现异常，但仍有13人“失联”。对于这例韩国病情疑似病例的确诊有何依据？与他密切接触的这些高危患者如何确认是否患病？如何确保每日入境的大量国外往来人员的健康安全？截止2015年5月25日，据世界卫生组织（WHO）公布数据显示，全球累计实验室确诊的感染MERS CoV病例共1,139例，其中431例死亡（病死率37.8%）。这些病例来自24个国家和地区，病例最多国家为沙特阿拉伯，此外多集中在阿联酋等中东地区。该地区以外国家的确诊病例，发病前多有中东地区工作或旅游史。欧洲、非洲、亚洲、美洲等20多个国家陆续出现疫情和医务人员感染。在韩国，截至2015年6月1日确诊感染病例达18例。中东呼吸综合征与2003年肆虐的非典同属冠状病毒，其传染性不及非典，但病死率比非典高。根据目前已知的病毒学、临床和流行病学资料，中东呼吸综合征冠状病毒已具备有限的人传人能力，但无证据表明该病毒具有持续人传人的能力。中东呼吸综合征最常见的临床表现是发热、发热伴畏寒寒战、咳嗽、气短、肌肉酸痛。腹泻、恶心呕吐、腹痛等胃肠道表现也较为常见。2012年9月1日至2013年6月15日，来自沙特阿拉伯的47例经实验室RT-PCR确诊的MERS病例，平均潜伏时间为5.2天，95%患者出现症状时间约为12天。目前中东呼吸综合征尚无疫苗可以预防，死亡率高达30-40%。而患者在感染MERS CoV的初期，也即是潜伏期，成为最容易传播不易发觉控制的时期，对MERS CoV病毒的检测是疫情控制及防范的重中之重。目前可以用于MERS CoV病毒检测的快速检测方法中被普遍采用的是实时荧光PCR技术（简称：qPCR技术）。该技术具有高灵敏度、操作简易、稳定性好等优点。针对MERS CoV有五个不同的区段（如下图所示），据WHO报道，针对这五个区段中的两个区段的检测即可判断病人是否为MERS CoV感染。WHO推荐使用upE区段进行筛选，再通过检测Orf1a区段用以最终判断确症病人是否感染中东呼吸综合征。（WHO官方推荐检测要求文件链接：http://www.who.int/csr/disease/coronavirus_infections/WHO_interim_recommendations_lab_detection_MERSCoV_092014.pdf?ua=1）罗氏诊断生命科学部凭借其在生命科学领域的悠久研究历史及经验，针对目前已传染至国内的MERS CoV病毒可提供全面的检测解决方案。其解决方案严格根据WHO要求设计，在中东爆发疫情时曾广泛使用，并且有研究表明其检测可达到灵敏的检测效果。（文献连接：http://www.research.ed.ac.uk/portal/en/publications/an-observational-laboratorybased-study-of-outbreaks-of-middle-east-respiratory-syndrome-coronavirus-in-jeddah-and-riyadh-kingdom-of-saudi-arabia-2014(0ed7e57f-ac6d-42b9-9850-ce18565e0cb7).html）从MagNA Pure全自动核酸提取系统或High Pure系列手动提取试剂盒上进行血清或血浆的核酸提取，使用成品化的MERS CoV病毒检测试剂盒到结合罗氏诊断全线LightCycler家族荧光定量PCR仪进行病毒核酸定量，整个过程最快在2小时内即可完成。罗氏诊断最新的MERS CoV病毒检测试剂盒中含有引物、探针、内对照以及临床检测最重要的阳性质控，用以保障实验结果的可靠性和稳定性。应对中东呼吸综合征来袭，罗氏诊断为人类健康护航！

新闻跟踪今年诺如病毒异常“凶猛”，根据北京市卫计委2014年12月12日通报，自2014年以来北京市共报告807名诺如病毒感染病例，共发现诺如病毒聚集性病例39起，涉及23所幼儿园和15所小学，1所大学。新华网从深圳龙岗区疾病预防控制中心证实，深圳龙岗区一所学校从2015年1月5日开始有140名学生陆续出现不同程度的呕吐腹泻，经检测已确定引发此症状的原因系诺如病毒。新华网报道2015年02月11日三亚100多名游客出现诺如病毒感染急性胃肠炎，广州已累计报告13起诺如病毒感染性腹泻聚集性疫情，发病病例达900多例。从去年年初至今，短短1年左右时间，先后在嘉兴海宁、北京、江苏无锡、上海、广州和深圳等地先后爆发不下10起大规模人群爆发案例，与往年相比，有明显上升的趋势。什么是诺如病毒？诺如病毒（又称诺瓦克病毒）大致可分为五大基因型（GGⅠ至GGⅤ），其中GGⅡ是导致人类病发的最常见分型。由诺如病毒引起肠胃炎全年均有发生，最活跃期常在冬天，又称为“冬天呕吐病”。诺如病毒具有高度传染性，很少量病毒粒子，约10-100个便可引起病发。它生存力强，在环境水体中存活数周至数月，贝类体中甚至可存活6-12个月。传播途径主要传播途径可总结为三类：经食物传播，主要因进食了受污染而又未经彻底煮熟的食物而感染，研究表明，我们的生活中存在特别容易携带诺如病毒的“高危食品”，例如广东人特别喜欢的海产品——贝类排在第一位，除了贝类外，草莓等伏地生长的水果、蔬菜被污染率也较高，主要原因是以粪便施肥或污水灌溉时被病毒污染；人传人传播，接触受感染病人或处理病人的呕吐物或粪便等；接触传播，接触受病毒污染物件，如门把手、玩具、键盘、使用过的杯子或衣物、受污染环境如游泳池。临床表现*诺如病毒潜伏期约为12-50小时，病症通常较轻微和短暂，大约维持12-60小时会自行消退。患者常出现症状包括：急性呕吐、肚痛、腹泻、低温发烧、肌肉痛、疲倦、头痛等。诊断方法*诺如病毒感染通常是以病人的临床病症来作为初步辩证，确证则需要以粪便病毒测试的RT-PCR结果为依据。罗氏方案罗氏诊断在食品安全领域拥有丰富的检测产品线和临床经验，其中会引起肠胃炎等疾病的胃肠道相关病毒检测中就包括针对诺如病毒GGⅠ和GGⅡ型的完整解决方案。通过上游的High Pure Viral RNA Kit从粪便样中将病毒RNA提取后，直接进行下游的荧光定量PCR检测实验，由于LightMix? Kit Norovirus GGI, GGII, MS2诺如病毒检测试剂盒罗氏独具匠心的设计，上游提取的RNA病毒无需常规分步反转录步骤，在荧光定量PCR反应中一气呵成，大大节省检测时间，从拿到原始样本到得到最终检测结果仅需2小时，真正意义上提高了出结果效率。除此以外，更重要的亮点在于该检测方案提供的是一体化的实验结果，一次实验，即能获得三大重要信息：包括病毒阴阳性判读结果，确定是否感染；获得定量结果，确定感染程度；以及获得分型结果，确定GGI或是GGII型感染（确认感染阳性为前提）。治疗方法*目前没有专门治疗诺如病毒感染的药物，主要通过补充流失水分及电解质、休息肠胃、退热等支援性治疗手段。预防方法*现在并没有预防诺如病毒的疫苗，抵抗力较差的人群如小孩、老人及长期患病者，有可能因病毒引发腹泻、导致脱水、或产生并发症而致命。因此，必须加强注重个人、食物及环境卫生。勤洗手、选择正规来源的食物、彻底煮熟食物、谨慎处理病人呕吐物及排泄物，另外，一旦有肠胃炎症状者，不应该上学或上班，直至症状消退。结语对于诺如病毒，我们不了解才觉得可怕，不确定是否感染才觉得无所适从，特别是眼看着家中的小朋友上吐下泻十分可怜。一旦通过正确的检测途径便可以让诺如病毒这类元凶无所遁形，采取适当的处理方案，加强预防意识，让我们共同打造一个安全健康的生活环境。正视诺如病毒 无须过度恐惧珍爱人类健康 加强卫生意识关注罗氏新闻 维护全民安全 * 相关信息来源于中国及各地区疾病预防控制中心

背景　　2015年1月12日-15日，第33届JP摩根健康投融资大会在美国旧金山举行，往年大会上，各家公司都派出重量级阵营，公布上年度经营业绩，发布最新产品，给市场打入强心剂，以获得投资人的青睐。 　　回顾2014年生物医药领域的并购事件，超过百亿的并购案就有9起，而瑞士制药公司罗氏在14年席卷生物医药行业的大规模收购浪潮中，始终坚持走他们自己的路——避开大规模收购浪潮，专注小规模的收购和合作。 　　“在今年，2015年，罗氏还将继续这一路线，计划更多的小规模并购。”其首席财务官Hippe表示。除此以外，在会上的报告中Hippe指出，罗氏将在新一年里实现创新和价值的创造，并在个性化医疗上领头。 　　2014年至今，罗氏已发起多起小型收购。 　　2014年4月7日，罗氏宣布耗资4.5亿美元收购IQuum公司。IQuum专注于开发护理现场(point-of-care，POC)产品，用于分子诊断市场。此次收购，将使罗氏快速进入分子诊断的护理现场(POC)细分市场。——罗氏4.5亿美元收购分子诊断公司IQuum 　　2014年6月2日，罗氏宣布将出价3.5亿美元收购一家测序公司GeniaTechnologies，Genia公司的测序技术在提高速度和灵敏度的同时极大地降低测序成本。此次收购更加证明了罗氏在不断丰富和多元化测序产品上的决心。——四代测序技术到来 – 罗氏收购GeniaTechnologies测序公司 　　2015年1月12日，罗氏宣布同意以10.3亿美元的价格收购Foundation制药公司56.3%的股权，以推动个性化癌症诊疗和药物开发。后者是一家分子诊断测试研发机构。——罗氏10亿美元收购基因诊断公司

    循环肿瘤DNA（ctDNA）是一类具备广泛应用前景的肿瘤标志物，可用于肿瘤发展及预后状态的无创测定。现有的ctDNA检测方法要根据每位癌症患者的情况来制定繁琐的检测步骤，且敏感度低，难以适用于广泛的临床应用。近期在Nature Medicine上发表的一篇文章中1，研究人员介绍了一种全新的ctDNA检测技术：癌症个体化深度测序分析方法（CAPP-Seq，cancer personalized profiling by deep sequencing）。该方法利用定制化的NimbleGen SeqCap EZ Choice Library作为”筛选器” (selector)对样本进行靶向捕获后再进行深度测序，其对非小细胞肺癌（NSCLC）的ctDNA检测结果灵敏度高，特异性强且经济可行。     研究者从肿瘤基因突变数据库（COSMIC）等来源找出与NSCLC复发突变相关的外显子，再对来自肿瘤基因图谱（The Cancer Genome Atlas)数据库的407位NSCLC患者全基因组测序结果进行筛选，并应用迭代算法使筛选出的区域在充分覆盖每个样本的错义突变的同时尽可能的精简。由于部分NSCLC有ALK、ROS1、RET相关的重排，因此研究者也将这些基因中复发突变的外显子或内含子一并包含在目标区域内。罗氏NimbleGen根据以上区域定制了NimbleGen SeqCap EZ Choice Library靶向序列捕获产品作为本次CAPP-Seq的”筛选器”，包含了139个相关基因的521个外显子和13个内含子，共约125kb。NimbleGen”筛选器”有效的把测序区段浓缩到整个基因组大小的0.004%， 使得后续超高深度测序得以实现。研究者还在不同阶段的非小细胞肺癌（NSCLC）中对CAPP-Seq进行了验证，发现II-IV期的NSCLC中检测敏感性为100%，I期的NSCLC中敏感性为50%，而且在各期肺癌中的特异性均在96%，甚至ctDNA比例低至约0.02%的时候也还能够被CAPP-Seq检测到.II-IV期和所有分期的肺癌样本中，根据ROC曲线计算出的AUC值分别为0.99和0.95，足以见得CAPP-Seq检测的威力研究者还发现，除去两例I期样本肿瘤大小明显高于其ctDNA值所对应的大小外，用CAPP-Seq测定的ctDNA水平和肿瘤大小(用CT和PET评估) 之间存在显著相关性（p＝0.0002，R2=0.89）。后续研究发现， ctDNA水平随着病程进展和相应的治疗也在不断的变化。研究者对于7例阳性和3例阴性样本进行了肿瘤样本（侵入性活检）和血液样本（非侵入性CAPP－Seq检测）的筛查和基因型检测对比， 结果发现CAPP－Seq能够准确测定肺癌的基因型，其检测效能与作为金标准的肿瘤活检相比毫不逊色。     虽然本研究主要是基于肺癌， 但研究人员认为，CAPP-Seq法将会广泛应用于临床，检测多种类型的恶性肿瘤，促进个性化癌症治疗的发展。     担当CAPP-Seq这一新方法中举足轻重的“筛选器”重任的NimbleGen SeqCap EZ Choice Library因其灵活的个性化定制和高效的靶向捕获能力，使得对于不同肿瘤特异性的ctDNA的捕获富集成为可能，成为CAPP-Seq进军临床的助推器。基于靶向富集和高通量测序技术的CAPP-Seq是否能成为ctDNA检测的金标准， 让我们拭目以待吧！       1. Newman A M, Bratman S V, To J, et al. An ultrasensitive method for quantitating circulating tumor DNA with broad patient coverage[J]. Nature medicine, 2014. 

银屑病，俗称干癣，是一种常见的具有特征性皮损的慢性易于复发的炎症性皮肤病，被认为是是遗传因素与环境因素等多种因素相互作用的多基因遗传病。在以往对多基因遗传病的发病机理探索中，研究者们通过正常与疾病对照样本的基于SNP芯片的全基因组GWAS实验，寻找到了两组个体中多态性与该遗传病相关性。然而许多疾病的发病又是后天的，如糖尿病与饮食即后天的生活环境有很大的关联，这类复杂的疾病遗传机制很难通过基于SNP芯片的GWAS找到全部决定性的遗传变异。随着二代测序技术以及序列富集技术的改进，人们将解决这个问题的注意力转向了与疾病相关的基因编码区域。 全基因组外显子测序是利用序列捕获技术将全基因组外显子区域 DNA 捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。由于其具有对常见和罕见变异高灵敏度, 能发现外显子区绝大部分疾病相关变异以及仅需要对约 1%的基因组进行测序等优点, 促使全基因组外显子测序和基于其发展起来的靶向捕获技术成为鉴定孟德尔疾病的致病基因最有效的策略, 也被运用于复杂疾病易感基因的研究和临床研究中。近期，以安徽医科大学第一附属医院牵头的，多个研究机构参与的一个银屑病项目共同在Nature Genetics上发表了一篇文章1，结合了外显子组和靶向区域捕获和二代测序技术，为银屑病这种多基因遗传病的机理研究提供了一条新的技术路线                                               (见右图)。 为了检测功能编码区突变对银屑病遗传易感性的影响，中国的研究人员对两个完全独立的实验群体（共包含21,309个个体，均来自汉族人群）进行了一次大范围的功能区突变位点的测序和分析，并发现了6个与该疾病相关基因及多个可能引起致病的突变。实验前期，研究人员用NimbleGen全外显子组捕获技术从781名银屑病患者和676名正常个体DNA样本中捕获了所有基因的外显子区域，通过测序分析和单突变关联分析共检测到133个与银屑病遗传易感性显著关联的非同义突变SNVs以及742个可能与致病相关的基因。但Bonferroni校正结果表明，这742个基因在全基因组水平都不具有显著性。考虑到样本大小对以上实验结果的影响，研究人员利用靶向捕获测序技术在9,946个银屑病患者和9,906个正常个体中对以上突变位点和致病基因进行了进一步筛选和验证。他们用NimbleGen序列捕获定制芯片对包含了1,326个基因（这些基因覆盖了133个非同义突变SNVs，742个可能的致病基因以及622个已被GWAS检测为免疫疾病相关基因）的外显子区域进行富集之后，再次进行深度测序。综合两个实验群体的10,727个病例和10,582个对照的622个免疫疾病相关基因的非同义突变SNVs的单突变关联分析结果，研究人员发现了6个可能的银屑病致病基因，分别是：IL23R、LCE3D、ERAP、GJB2、ZNF816A和FUT2 。 综合以上实验结果，研究人员表示，通过靶向富集深度测序在前期GWAS研究的易感基因上在后续群体的验证中获得了更多的阳性结果；对于遗传性疾病，尤其是多基因遗传疾病的致病机理研究，这条崭新的技术研究路线即全外显子组和靶向区域富集的小范围研究，在不会产生大量测序费用的同时可加深测序深度，集中在功能基因的编码区域寻找与疾病相关的突变位点，使对之前基于SNP芯片的GWAS研究形成一个强有力的补充，同时为未来临床诊断提供更多地生物标记。 1.      A large-scale screen for coding variants predisposing topsoriasis. Nature Genetics.2014 Jan. DOI:10.1038/ng.2827

别让你的reads再做布朗运动了—罗氏RNA序列捕获还原真实不同丰度RNA表达！ 近年来，遗传变异通过表达水平的改变从而影响癌症、糖尿病、心脏病等复杂疾病的发病日益受到研究者的重视。与之相关的全转录组分析也越来越成为研究热点。     常规的RNA测序（RNA-seq）能检测基因的表达丰度，检测未注释的基因，以及由于剪切而形成的复杂的基因亚型。然而由于转录本的表达丰度宽泛的动态范围，小部分高表达的转录本占据了细胞里大部分的RNA分子，因此在RNA测序的结果里，微量表达的转录本reads覆盖度往往不够，这使得后续的数据分析想要准确的拼接这些转录本或是对其定量简直难上加难。                                               图1：传统RNA-Seq面临的挑战：少部分高表达的基因占据了测序数据中的绝大多数reads，而感兴趣的目的基因如果属于低表达基因，其reads量则在测序数据里所占的比例少得可怜。     近日，由FDA牵头的旨在评估RNA-seq准确性、可重复性及信息量的测序质量控制项目（SEQC/MAQC-III）初步结果发表，为评估RNA-seq数据分析提供了宝贵的资源，同时也让人们看到了RNA-seq的短板：对于低表达量的基因，测序结果可重复性低，想要测到这些基因，只能增大测序深度；原本被人们认为是RNA-seq检测优势的可变剪切的检测，由于覆盖junction的Reads太少而变得不靠谱；对于新剪切位点的发现，评估结果显示测得越多，发现的越多，测到1.2Tb reads时仍旧没有尽头……1     对于SEQC项目暴露出的RNA-Seq的局限我们并非束手无策，利用靶向RNA-seq能完美的解决以上困扰。对感兴趣的目的基因相关RNA进行靶向捕获后再测序，能够极大的增加测序覆盖度，由此大大提高基因检测的灵敏度、定量能力以及对于微量表达的转录本的拼接能力。     加尔文研究所（Garvan Institute） 的Tim Mercer以及John Mattick近期在Nature Protocol上发表文章，详细阐释了利用罗氏NimbleGen SeqCap EZ Choice 探针捕获cDNA后测序的方法。 他们认为：与全转录组RNA-Seq相比，RNA Capture Seq是一个更加高效的对基因表达进行定性定量研究的方法。Capture Seq的方法除了能准确保留除高表达的基因外的其他基因在原来RNA样本中的相对表达丰度，在样本制备的过程中还可以引入混样（multiplex）的操作方法来提高捕获效率，由此试剂成本也大大降低2。 图2. SeqCap RNA 靶向捕获流程，无需专门去除rRNA或进行poly A富集 罗氏即将推出的靶向RNA-Seq产品正是基于与加尔文研究所的合作。 SeqCap RNA 序列捕获系列产品包括针对长链非编码RNA的 lncRNA Enrichment Kit，针对小于7Mb或是长达100Mb的任何用户感兴趣的人类RNA区域的捕获产品，以及用户定制的针对长达200Mb非人类RNA目标捕获产品。同时推出的还有一系列与之配套的样品制备试剂与完善的实验流程。届时，研究者还可以通过升级后的在线探针设计软件NimbleDesign快速地自行设计属于自己独一无二的序列捕获探针。     罗氏NimbleGen的SeqCap RNA序列捕获产品将带来更快的实验流程，更真实的实验结果，完美地解决常规的RNA-Seq可能导致的由于目的基因reads数过少而引发的一系列后续数据分析问题。新产品上市在即，敬请期待！ 1.       SEQC/MAQC-III Consortium. A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium[J]. Nature Biotechnology, 2014.2.       Mercer T R, Clark M B, Crawford J, et al. Targeted sequencing for gene discovery and quantification using RNA CaptureSeq[J]. Nature protocols, 2014, 9(5): 989-1009. 

罗氏和加尔文医疗研究所近日宣布合作开发基于DNA测序针对表观基因组学分析的新技术。基因组学是一个迅速发展的领域，重点关注的是病人的诊断和治疗中DNA序列信息的潜在用途。近期，表观遗传学(非DNA序列或者遗传密码改变，而是DNA的二次化学修饰和染色体结构蛋白的基因表达引起表观遗传的改变)被认为在生物进程的宿主中起着重要的作用。表观遗传学在癌症中作用的研究也越来越多。由于染色体上负责影响基因表达的表观基因组事件大量存在，更多精确分析这些变化的先进手段正在出现。在为期两年的探索协议条款中，加尔文研究所和罗氏将合作开发精确分析表观基因组区域的新方法。这次合作汇集了加尔文研究所中世界领先的基因组学的专业知识和基础设施，以及来自罗氏测序部门的Roche NimbleGen进行靶向富集的产品。在协议中，罗氏NimbleGen SeqCap Epi产品将被加尔文研究所的科学家进一步用于表观遗传学在人类疾病中作用的研究中。加尔文研究所常务理事John Mattick教授说，这是一个领先公司和研究机构之间合作开发基因分析技术的优秀案例，这将促进更多人类生物学和疾病方面的研究并且促进交流机会。罗氏测序部门的研究部主管Tom Albert说，除了最近对测序技术平台的投资，我们的研究团队正在推进当下和未来技术中的测序应用。这次与加尔文研究所的合作展示了SeqCap靶向序列捕获产品附加的测序应用于表观遗传学研究的潜力。这将促使我们向诊所提供更多差异化的临床测序应用。更多关于Roche NimbleGen的信息，请访问www.nimblegen.com本新闻稿中使用和提及的所有商标均受法律保护。

埃博拉（Ebola virus）又译作伊波拉病毒，这种病毒来自“Filoviridae”族。“埃博拉”属于丝状病毒，这是一种十分罕见的病毒，1976年在苏丹南部和扎伊尔即现在的刚果（金）的埃博拉河地区发现它的存在后，引起医学界的广泛关注和重视，“埃博拉”由此而得名。 埃博拉病毒是引起人类和灵长类动物发生埃博拉出血热（EBHF）的烈性传染病病毒，其致死率高达50%至90%，[LD{1] 是当今世界上最致命的病毒性出血热，感染者症状与同为纤维病毒科的马尔堡病毒极为相似，人类感染埃博拉病毒几天后会出现发烧、头疼、关节和肌肉及喉咙疼痛、周身虚弱等症状，许多患者还会出现体内或体外出血；另有人打嗝、眼睛又红又痒。感染一周后病人会胸痛、休克，甚至死亡。 埃博拉病毒包含扎伊尔埃博拉病毒、苏丹埃博拉病毒、雷斯顿埃博拉病毒、塔伊森林埃博拉病毒、本迪布焦埃博拉病毒5种类型。近期爆发的是最厉害的扎伊尔埃博拉病毒。该病毒不会经由空气进行人与人的传播，但能通过汗液、血液、唾液以及性接触等途径进行传播。一旦感染，埃博拉病毒会迅速瓦解体内的免疫系统细胞，并进行快速繁殖，对身体内细胞进行攻击，最终导致多器官功能衰竭。美国范德比尔特大学感染病学专家 William Schaffner 博士认为，埃博拉病毒非常危险，即使防护做的再完美，也存在感染的风险。 根据WHO官方网站数据，截止2014年8月1日，西非埃博拉病毒出血热总共感染（含疑似）1,323人，其中729人死亡。疫情涉及4个西非国家：几内亚、利比里亚、塞拉利昂和尼日利亚，几内亚死亡人数最多（339人），塞拉利昂感染人数最多（533人）。 为了防止埃博拉病毒的进一步肆虐，我国的各口岸也都已经提高了戒备等级，保证病毒不能轻易传播入国内人群；各疾病预防控制中心也在积极准备，一些疾控中心已经具备了检测病毒的能力。[LD{2] 8月4日，国家质检总局、外交部、国家卫计委、国家旅游局联合发布关于防止非洲埃博拉出血热传入我国的公告。中国质检总局下发《关于加强口岸埃博拉出血热疫情防控工作的通知》，要求各检验检疫局切实做好口岸卫生检疫工作，严防埃博拉出血热疫情传入中国。 由于现阶段尚无有效疫苗，只能通过维持患者体内体液和电解质进行辅助治疗。因此，早期的迅速诊断和隔离就显得非常重要。使用实时荧光PCR检测方法是目前最快也是最准确的检测诊断方法。罗氏诊断生命科学部凭借其在生命科学领域的悠久研究历史及经验，针对目前正在迅速传播的扎伊尔埃博拉病毒（Zarie EBOV）及时研发并提供了全面的检测解决方案：从MagNA Pure全自动核酸提取系统或High Pure系列手动提取试剂盒上进行血清或血浆的核酸提取，使用成品化的扎伊尔埃博拉病毒检测试剂盒到结合罗氏诊断全线LightCycler家族荧光定量PCR仪进行病毒核酸定量，整个过程最快在2小时内即可完成。罗氏诊断最新的埃博拉病毒检测试剂盒中含有引物、探针、内对照以及临床检测最重要的阳性质控，符合澳大利亚职业安全和卫生管理局危险告知标准以及欧盟包装安全标准。 埃博拉来势汹汹，罗氏诊断将积极与中国政府与各研究单位紧密合作，配合有关部门在第一时间做好捍卫工作，将其危害降低到最低程度。

　　继2014年5月罗氏收购第四代测序公司Genia Technologies之后，罗氏近期宣布将对Stratos Genomics公司进行策略性投资以及研究上的合作。目前罗氏已投入了500万美元的第一笔资金，支持Stratos公司开发其独特的化学工艺，用于通过纳米孔进行DNA单分子测序。 　　与罗氏之前投资的两项单分子测序技术(Pacific Biosciences公司的ZMW技术与Genia公司的Nano-tag技术)不同，Stratos Genomics公司在研发的是一种叫做“边扩大边测序”(“SequencingByExpansionTM”，SBXTM)的技术。 上图为XpandomerTM分子 　　该方法将DNA转换成一个更大的“替身”分子，这个大分子被称为XpandomersTM，再通过检测这个“替身”分子来测定原始的DNA序列。这些XpandomersTM大分子，比原始的DNA长10-100倍，由多个“高信号值”的报告分子组成，这些报告分子排列对应原始DNA碱基序列。XpandomersTM分子穿过纳米孔时，不同报告分子产生不同信号而被检测，从而可获得原始DNA序列。XpandomersTM由聚合酶合成，以DNA为模板，利用一种可伸长的特殊核苷酸合成“替身”分子XpandomersTM，再通过一个快速的化学反应拉长“替身”分子的长度，再通过纳米孔进行测序。这种报告分子由于比其对应的碱基分子长10-100倍，可以使得通过纳米孔时所引起的电信号改变更加显著，信噪比更好，从而提高单碱基的分辨率及读取的准确性。 　　罗氏一直致力于为所有用户提供前沿的、有别于新一代测序的产品和服务，同时也一直在为基因组领域中测序技术的革新以及临床价值的传递提供解决方案。2007年，罗氏收购了第一家二代测序公司454 Life Science，同年还收购了NimbleGen做为二代测序上游DNA序列捕获解决方案，2013年，与单分子测序公司Pacific Biosciences合力推进单分子测序在临床检测上的解决方案，今年上半年罗氏也宣布收购Genia公司进军四代测序技术。 　　在单分子测序方面，Stratos Genomics公司特有的技术能够补充之前投资的两项单分子测序技术，尤其Genia公司纳米孔测序技术可以更好地结合，为更广泛领域的测序应用提供解决方案。罗氏坚信这三种单分子测序技术在诸如成本、速度、准确性及灵活性等方面各有其擅长之处，有望在测序市场引发突破革命。

    在农业生产中，性状相关的基因定位对于科学育种十分重要，传统的遗传重组定位具有指导意义和实用价值，但传统方法周期长、耗费大。随着二代测序的发展，DNA测序速度大大加快、成本大大降低，使得通过测序法进行的基因定位（mapping-by-sequencing）成为越来越多动植物研究的主要手段。对合适的样本群体，在完整的基因组参考序列的条件下，结合传统集群分离分析(BSA)和二代测序方法，可以快速定位性状相关基因。在短短几天内，可通过数据运算界定出基因所在区域，进一步锁定基因。这一方法已经在拟南芥、水稻、玉米、小鼠、斑马鱼等等的基因定位中得到了应用。通常这一应用的前提需要一个高质量、较完整的参考基因组序列，包括所有基因及其他基因组序列信息。然而，在农业中的许多重要作物，如大麦、小麦等等的基因组图谱并不完整。最近德国科学家在Genome Biology上发表文章1，介绍了通过外显子组二代测序方法定位一个影响大麦出叶速率(leaf initiation rate)的基因，表明即使在基因组并不完整的情况下也可以进行测序法的基因定位。此次研究针对大麦多节矮秆突变体(mnd)，这一突变体的最显著特点是叶间期缩短，出叶速度加快，叶子数量平均为野生型的2倍，节间茎秆长度缩短，并伴有叶子形状的改变等等。利用X光诱发的多节矮秆突变体与野生型cv. Barke杂交获得F2代，在100个F2中有19%为突变型、81%为野生型，该性状为单基因隐性遗传。取18个突变体的DNA混合成一个突变样本群的DNA混合物，再随机选取30个野生型混合成野生型样本群的DNA混合物，对这两个DNA混合物分别用NimbleGen大麦外显子组探针富集大麦基因组的编码序列后，进行二代测序。图：基因定位：通过突变样本群和野生样本群等位基因频率的差异定位候选基因。摘自 Mascher M, Jost M, Kuon JE, Himmelbach A, A?falg A, Beier S, Scholz U, Graner A, Stein N. Mapping-by-sequencing accelerates forward genetics in barley. Genome Biol. 2014. Jun 10;15(6):R78 突变样本群和野生型样本群分别获得8.2 Gb和7Gb测序数据，比对cv. Barke的全基因组鸟枪法测序拼接结果后，分析SNP位点及其等位基因频率。比较2个样本群的SNP位点等位基因频率，在染色体5H长臂发现一个30cM区域，该区域内突变型的SNP等位基因频率达95%，而野生型的SNP频率仅为30%。同时，由于X光所引发的突变多为缺失突变，在测序数据中通过测序深度寻找>150bp的缺失突变，发现有18个缺失位于上述区域。在缺失片段对应的contig中，contig 49382位于5H 96 cM，有2个缺失区域，是一个被注释为“Cytochrome P450”的MLOC_64838.2基因的2个外显子。Blastn的结果显示这个基因编码的蛋白与水稻PLASTOCHRON1 (pla1)基因编码的蛋白序列相似，pla1基因的突变会使得水稻有类似大麦多节矮秆突变体的表型，作者认为MLOC_64838.2基因很可能是控制这个形状的基因。文章还在其他大麦多节矮秆突变体中进行了这个基因的验证，并在大麦的物理图谱中定位了这个基因。作者认为，利用大量现有的大麦突变体资源，结合外显子组测序、合理数据分析方法以及现有的基因组资源，可以经济有效地对大麦进行测序法的基因定位(mapping by sequencing)，同样的方法也可以用于其他基因组庞大的物种的类似研究。此文中所用的NimbleGen大麦外显子组探针设计基于现有大麦基因组拼接的注释，并参考全长RNA序列以及RNASeq测序序列设计，总共约88.6Mb目标序列，对应目前大麦基因组中~60Mb左右的编码区域。大麦外显子组捕获产品在一个捕获反应溶液中有约420万种不同的DNA探针，体现了NimbleGen高密度探针的生产和设计能力，可以有效覆盖和捕获目标区域。2013年11月在The Plant Journal发表的一篇文献2，也运用该大麦外显子组捕获产品，对不同品系的种植大麦及野生大麦进行了实验，随后进行SNP发现、多样性分析和进化分析，文章指出这个工具可以应用于多种品系的大麦、甚至小麦，帮助mRNA编码区的变异研究，通过混合捕获和减少测序量大大降低研究成本，从而推进大麦遗传多样性及基因性状研究。1.       Mascher M, Jost M, Kuon JE, Himmelbach A, A?falg A, Beier S, Scholz U, Graner A, Stein N. Mapping-by-sequencing accelerates forward genetics in barley. Genome Biol. 2014. Jun 10;15(6):R78.2.       Mascher M, Richmond TA, Gerhardt DJ, Himmelbach A, Clissold L, Sampath D, Ayling S, Steuernagel B, Pfeifer M, D'Ascenzo M, Akhunov ED, Hedley PE, Gonzales AM, Morrell PL, Kilian B, Blattner FR, Scholz U, Mayer KF, Flavell AJ, Muehlbauer GJ, Waugh R, Jeddeloh JA, Stein N. Barley whole exome capture: a tool for genomic research in the genus Hordeum and beyond. Plant J. 2013 Nov;76(3):494-505. doi: 10.1111/tpj.12294. Epub 2013 Aug 24.仅用于科研，不用于临床诊断

    6月2日，罗氏宣布将出价3.5亿美元收购一家测序公司GeniaTechnologies，其中包括向Genia股东支付1.25亿美元现金，以及后续根据进展支付累积至2.25亿美元。完成收购后，Genia公司将与罗氏测序部门整合。Genia公司的CEO Stefan Roever曾说“如果二代测序是需要前期DNA扩增的电子传导技术，三代测序是光信号捕获的单分子测序，那么我们就是四代测序技术—单分子测序+电子传导检测”。       罗氏测序部门全球总裁 Dan Zabrowski说，“我们相信Genia公司的技术将为测序市场带来全新概念的的富有竞争力的产品。通过单分子测序和电子传感器捕获信号，Genia公司的测序技术将在提高速度和灵敏度的同时极大地降低测序成本。相比现有二代测序平台，将会避免DNA扩增所引入的碱基偏好和错误，带来更长的测序读长；而与其它同类测序技术相较而言，NanoTag测序和电子传感器捕获信号技术，可准确检测皮安级别的电流信号差异，可以从技术上解决目前技术瓶颈，提高结果准确性与测序通量。”罗氏一直致力于为所有用户提供前沿的、有别于二代测序的产品和服务，同时也一直在为基因组领域中测序技术的革新以及临床价值的传递提供解决方案。2007年，罗氏收购了第一家二代测序公司454 Life Science，同年还收购了NimbleGen做为二代测序上游DNA序列捕获解决方案，2013年，与单分子测序公司Pacific Biosciences合力推进单分子测序在临床检测上的解决方案。今年对Genia公司的收购更加证明了罗氏在不断丰富和多元化测序产品上的决心。罗氏Dan Zabrowski也表示，还将继续推出支持个性化定制的DNA富集SeqCap EZ Library产品，为用户提供更加完善的测序解决方案。

    最近在Nature  Protocols杂志上在线发表的一篇文章1介绍了利用NimbleGen序列捕获技术进行转录组定向测序，用于RNA研究中基因发现和表达定量。    RNAseq技术在基因表达研究中得到了广泛的应用，可对表达基因进行无偏见的采样。相比定量PCR可以对更广泛的基因同步分析，相比芯片方法RNAseq测序结果准确性也更高。然而，真核细胞的表达谱具有转录本数量众多、可变剪切情况复杂，且表达量高低差异大的特点。RNAseq测序结果分散在整个基因组中，不同基因测序深度差异显著，对转录水平偏低的转录本往往测序深度不足，为进行特定基因的可变剪切体拼接及定量研究造成阻碍。而序列捕获技术通过寡合苷酸探针杂交，富集研究所感兴趣的基因或基因组区段，实现了定向测序。将此技术与RNAseq结合，即对RNAseq的测序文库先进行序列捕获实验富集感兴趣的转录本，再进行测序，实现定向RNAseq或RNA捕获测序（CaptureSeq）。这一方法可以提高目标转录本的测序深度，进行灵敏的基因发现、有效的转录本组装和准确的基因表达定量。文中介绍的实验步骤主要包括探针设计、捕获测序和数据分析如转录本拼接及定量。实验选用了罗氏NimbleGen探针用于目标捕获。NimbleGen可同时生产2万种探针，可覆盖多达200Mb的基因组中的分散区域或连续的区域，可以应对复杂的真核生物转录组。文章指出，在探针设计时，仅针对目标转录本的部分序列设计探针，通过这些探针即可捕获全长转录本，也可发现转录本中的新外显子。当需对特定剪切方式的转录本进行定向研究时，可在探针设计包括连接两个外显子片段的探针，专门捕获这些异构体。此外，实验设计了用于质控的探针。质控探针包括：1. 非转录的基因间区的探针，以排除gDNA污染；2. 其他可能造成实验室污染如大肠杆菌等的序列捕获探针，以排除实验室污染；3. 数个质控基因的探针，可用于进行测序前qPCR富集分析，或用于数据分析参数的测试；4. 针对掺入样本的ERCC RNA设计的探针。 ERCC RNA Spike-in standards由92个in vitro转录的转录本组成，表达量跨越一个106的范围，这一些标准品被掺入到最初的RNA样品中进行捕获测序，用于判断测序量是否充足，以及计算捕获off-target rate。另外，将各转录本获得的测序深度，与ERCC  RNA Spike-in standards的测序深度比较，可以推算出样本中各转录本的数量。文章作者指出，这个方法应用于转录水平较低的基因的富集，富集率与基因数量相关，如1000个随机选择的基因预期55倍富集效率。5微克的总RNA约可生成250ng cDNA文库，可将多个样本的文库混合后根据Roche NimbleGen的实验手册进行捕获实验。混合捕获的实验方案可以对大量样本进行低成本的测序。测序后的分析步骤包括比对、拼接、去除非目标序列、新基因（外显子）发现、定量等。通过这一实验，可以对样本中特定基因的表达进行研究。该方法既RNASeq相比其他表达谱研究方法的优势，又可以进行有目的性的、多样本的研究。尤其在对于表达水平中低等的转录本研究中，可以更好地拼接全长转录本、发现新基因以及定量分析。 1.       Tim R Mercer,  Michael B Clark,  Joanna Crawford,  Marion E Brunck,  Daniel J Gerhardt,       Ryan J Taft,   Lars K Nielsen,     Marcel E Dinger,  John S Mattick. Targeted sequencing for gene discovery and quantification using RNA CaptureSeq. Nature Protocols. 9, 989–1009 (2014) doi:10.1038/nprot.2014.058仅用于科研，不用于诊断 

    精神分裂症是一种严重且复杂的心理疾病，其致病机理尚未明确。最近的一项研究1，在一组精神分裂症病人中进行新发突变（de novo mutation）的扫描，并将结果与其他精神性疾病如孤独症、智力低下等的突变进行了比较，发现了这些疾病之间拥有相似的遗传学背景，可能通过影响 大脑的表观调控导致疾病发生。此次研究的样本来自57个疾病患者家庭，其中15个家庭有家族性精神分裂史，其他病人为后发性精神分裂。对这些家庭的父母与患儿3人组，利用NimbleGen SeqCap EZ Exome v2.0捕获人外显子组序列，共完成了171个全外显子组测。每个样品平均获得94.2M条序列，外显子组的平均深度 67x，90%的序列有10x以上的覆盖。在测序深度>10x的序列中发现的SNP，通过与其父母样本中的突变、Exome Variant Server 6500及1000 Genomes的数据比较后，挑选出患者基因组中的新发突变，其中59个新发突变及6个Indel都通过了sanger测序验证。健康人群的外显子组比较后发现，在后发型精神分裂病人中发现异义突变频率未有显著提高，而无义新发突变频率增加了3.5倍，且这些无义突变会使所在基因有更大的可能性发生单倍剂量不足。另外，从基因功能分析，这些无义突变所在的基因对于突变容忍度低（RVIS值高）。   表：前15%的RVIS（Residual variation intolerance score） 基因列表。摘自SE  McCarthy et al. De novo mutations in schizophrenia implicate chromatin remodeling and support a genetic overlap with autism and intellectual disability.  Mol Psychiatry. Molecular Psychiatry (2014), 1–7新发突变所在基因中，有一些已知与孤独症相关，如AUTS2, CHD8 及 MECP2；还有一些与智力低下有关，如HUWE1 及 TRAPPC9，表明这三种疾病在疾病遗传学背景上相互交错。在功能学上，CHD8, MECP2及HUWE1 都在转录的表观遗传路径中起到一定的作用，说明表观遗传学的改变可能在疾病发生发展中起作用。这次研究的分析结果与其他神经发育异常的外显子组测序有相似的结论，即精神性疾病相关基因突变可能影响了大脑发育及认知形成过程中表观遗传学的调控，这可能是致病机制的中心，也可能是此类疾病治疗的靶点。 1.       SE McCarthy, J Gillis, M Kramer, J Lihm, S Yoon, Y Berstein, M Mistry, P Pavlidis, R Solomon, E Ghiban, E Antoniou, E Kelleher, C O’Brien, G Donohoe, M Gill, DW Morris, WR McCombie and A Corvin. De novo mutations in schizophrenia implicate chromatin remodeling and support a genetic overlap with autism and intellectual disability.  Mol Psychiatry.  advance online publication 29 April 2014; doi: 10.1038/mp.2014.29仅用于科研，不用于诊断     

    罗氏与Kapa Biosystems公司合作升级NimbleGen现有的二代测序目标序列捕获方案，Kapa Biosystems公司将为罗氏NimbleGen定制二代测序建库试剂盒，搭配NimbleGen的各款序列捕获产品使用。该款试剂盒将有罗氏NimbleGen负责销售，该产品已经在国内上市。通过这次与Kapa的合作，客户将可以从罗氏NimbleGen购买到捕获测序上机前的所有实验用的试剂，换而言之，即NimbleGen提供包括二代测序文库构建试剂、目标区域捕获探针、杂交洗脱试剂等等各实验步骤的试剂。捕获实验操作方法、流程也再次进行了测试和优化，更新标准实验操作手册1。内部测试数据表明新试剂盒可以用于低起始量样品建库后进行目标区域捕获，包括可用于福尔马林包被（FFPE）的样品外显子组或其他捕获测序，相关技术文献可从NimbleGen官方网页下载2。除可用于低起始量的样本建库外，此次推出的建库试剂盒，相比其他同类实验，可以减少建库的GC偏好，保证更好的文库多样性，从而提高探针捕获后的富集效果。图1：不同起始量样本进行SeqCap EZ Exome v3捕获测序的结果（每个样本以随机抽取75M条测序数据位标准）。可见即使低至10 ng起始量，在目标区域的覆盖度上都是相当的。图2：此次推出的建库试剂盒可以提高测序结果的均一度。图中横坐标显示了捕获目标区域上GC含量，纵坐标表示该GC含量的目标区段的测序深度。蓝色为此次推出试剂盒的实验结果，相比红色用其他方法进行实验的结果，可以看到此次推出的建库试剂在AT富集和GC 富集区域的测序深度都有提高。对于此次合作，罗氏NimbleGen公司总裁Rebecca Selzer表示：” 罗氏NimbleGen不但一直追求技术上的创新，我们也不断努力为客户带来更便捷的体验。这次通过我们两家公司的合作，整合优秀的产品，将为我们的客户带来更完整、更高效的实验体验。” Kapa Biosystems公司的创始人及首席技术官John Foskett也表示：”与罗氏NimbleGen的合作，整合两个具有互补性的产品，提供优异的定向捕获富集方案，可对更多种类、不同样本量的样本实现高质量测序。我们将致力于持续提高产品，提供更多测序解决方案。 除新的建库试剂盒外，罗氏NimbleGen也推出了一些新的试剂，包括新版的扩增试剂、大豆、玉米、大麦、小麦等外显子组捕获探针等。更多产品相关信息请浏览罗氏NimbleGen官方网页www.nimblegen.com。NIMBLEGEN 及 SEQCAP是罗氏注册商标，KAPA是Kapa Biosystems的注册商标，归各自公司所有。 1.    Roche NimbleGen. (2013). SeqCap EZ Library SR User’s Guide. RocheNimbleGen Inc., Madison, WI. Retrived from http://www.nimblegen.com/products/lit/06588786001_SeqCapEZLibrarySR_UGuide_v4p2.pdf 2.    Raterman, D., Jefferson, K., Wendt, J., Brockman, M., and Burgess, D.(2013). Target enrichment protocol for preparing formalinfixed paraffinembedded (FFPE) tissue samples for next-generation sequencing. Roche NimbleGenInc., Madison, WI. http://www.nimblegen.com/products/lit/07180748001_FFPE_ApplicationNote_12092013.pdf

许多白血病的致病机制尚不清楚，其中慢性中性粒细胞白血病（Chronic Neutrophilic leukemia）及非典型慢性髓性白血病（BCR-ABL1-negative atypical Chronic Myeloid Leukemia）的诊断通常仅仅基于粒细胞的恶性增殖，以不含有其他白血病的基因标记作为诊断标准，而缺乏对其本身驱动基因的认识。 近期在新英格兰杂志上发表的一篇文章1对这类白血病的分子机制进行的深入研究。作者对27例慢性中性粒细胞白血病以及非典型CML骨髓或血液样本进行了部分基因定向高深度测序，分析基因突变的情况，发现一个基因CSF3R的突变在这个类群病人中的尤其常见。而CSF3R基因的功能正是细胞生长因子的受体，可以刺激中性粒细胞分化和增殖，这与这类病人的临床表型一致。 同时对病人分离的肿瘤细胞进行tyrosine kinase–specific small interfering RNAs 或 small-molecule kinase inhibitors筛选实验。对于突变进行体外细胞转化实验验证，并用原始细胞克隆进行药敏试验。这些实验验证了这一基因的突变改变下游信号通路，也可造成细胞的增殖。药敏试验也证实了该基因的多种突变可对不同的下游通路中的抑制剂敏感，尤其一个病人在接受相应的抑制剂治疗后临床症状得到改善。作者认为，CSF3R突变在CNL及atypical CML的常见，而在其他白血病亚型中相对罕见，可用于慢性中性粒细胞白血病及非典型慢性髓性白血病白血病分型的重要分子诊断参考。 在CSF3R基因突变的发现过程中，主要利用NimbleGen的定制型序列捕获芯片，对1683个基因的外显子序列进行富集后，再进行二代测序仪进行深度测序。突变分析结果中，这一病人群体中的59%携带CSF3R突变，可活化这一受体，突变主要分布在CSF3R的两个独立区域内，分别导致CSF3R下游的SRC family-TNK2或者JAK Kinase的活化。 图：显示不同CSF3R基因突变对于细胞通路的影响。1 随着生物技术的发展，将为越来越多疾病的致病机制探索提供更加有效地手段，其中之一是利用高深度的定向测序方法寻找疾病相关基因。通过NimbleGen序列捕获芯片，可对人类全外显子组序列，或者所感兴趣的部分基因进行高效富集，衔接二代测序，可以更加经济有效地进行研究工作，同时也减少的数据分析的压力，这方法已经为国内外越来越多的研究人员所采用。 1.Oncogenic CSF3R mutations in chronic neutrophilic leukemia and atypical CML. Maxson JE, Gotlib J, Pollyea DA, Fleischman AG, Agarwal A, Eide CA, Bottomly D, Wilmot B, McWeeney SK, Tognon CE, Pond JB, Collins RH, Goueli B, Oh ST,Deininger MW, Chang BH, Loriaux MM, Druker BJ, Tyner JW.N Engl J Med. 2013 May 9;368(19):1781-90. doi: 10.1056/NEJMoa1214514.   

NimbleDesign是罗氏NimbleGen推出的免费在线软件，用于NimbleGenSeqCap EZ Choice以及Choice XL人类基因组目标区域的定向捕获探针设计。现在您只需用一分钟注册您的账户，就可以享受到NimbleGen专有的探针算法所带来的高密度、高覆盖、高效率的探针设计，从而开始您感兴趣的目标区域定向富集，以及后续更多的二代测序应用。 从www.nimblegen.com（左图）即可进入NimbleDesign页面，或者直接进入design.nimblegen.com（右图），注册时需选择China区域。 NimbleGenSeqCap EZ Library系列序列捕获产品的探针设计拥有其独特的优势，以每次捕获设计拥有多达200万个探针、探针采用在目标区域的高密度叠式排布而著称，保证了在捕获过程中对于包括片段插入缺失等各种类型突变的有效捕获。这些特点不仅来自于来自于探针设计时所采用的算法。NimbleGen建立了特殊的探针设计算法，使得NimbleGen的高密度探针生产工艺可以更好地应用到序列捕获之中。而且NimbleGen优化了repeat mask算法，使得目标区域中的更多碱基序列可以直接设计探针，从而保证了目标区域的更高覆盖。 NimbleGen自有算法可以更好的针对目标区域进行探针设计。例如上图中对11号染色体上一个500kb的区域进行探针设计，黑色区域分别表示由两种不同算法计算出的探针所能覆盖的区域，而红色区域表示只有NimbleGen的设计能覆盖的区域。 而NimbleDesign将NimbleGen探针算法带到您的身边，是NimbleGenBioinformatics团队心血之作，从此您可以全天候、全时段、零距离地使用NimbleGen专有的探针算法。下图显示了NimbleDesign的设计流程，提交设计背景信息、目标区域范围以及选择探针设计参数后，即可在最快几分钟到最多24小时，获得您的探针设计文件。当您确认探针设计后，需要订购这一产品，只需在系统中点击Transmit，我们就会收到您的订购需求，与您进一步联系。 NimbleDesign软件设计流程 缩短定制设计时间 易学易用在线软件 在软件中随时可以获取各种帮助信息 将专业的捕获设计算法带到您的身边    

  H7N9是一种甲型流感病毒，是禽流感病毒的一个亚型，1988年在美国火鸡身上有了第一个病毒记录。H7N9原本属于低致病性感冒病毒，经基因交换后转移到人类上感染后成为病发期短、重症率与死亡率较高的传染性病毒。自今年3月下旬开始，人类感染甲型流感病毒H7N9的病例陆续在上海及长江三角洲一带的城市被发现。疫情爆发后，各地疾控中心与政府都采取了积极的应对措施，到5月中旬，已基本消除了新增病例。然而研究的步伐仍未停止，科学家们仍然在研究病毒基因重组的机制以及耐药情况的发生。     目前在临床上对H7N9的患者主要使用奥司他韦和帕拉米韦进行抗病毒治疗。为了直观地解析病毒基因耐药机制，测序仍然是主要的选择。国内学者们在收集病人在治疗过程中多个时间点的咽拭子、血液、尿液和粪便标本，使用自行设计的荧光定量RT-PCR方法对上述标本中的H7N9 流感病毒核酸载量进行了定量检测，并对其中的十四例患者进行了454测序，从而进行了病毒载量与病情严重程度的相关性分析，相关论文已发布在2013年5月的柳叶刀杂志中1。     通过对患者标本中的HA和NA病毒基因序列进行了扩增和高通量测序及分析。在病毒基因序列和多态性的研究发现，2例重症病例在抗病毒治疗过程中其体内H7N9毒株的神经氨酸酶（NA）292位氨基酸从R（精氨酸）突变为K（赖氨酸）。在上海地区最早的H7N9病毒（A/Shanghi/1/2013（H7N9））中也发现存在这一突变，但一直不清楚其临床意义。本研究结果将NA 292位氨基酸的R/K突变与临床治疗效果不佳和不良预后联系起来，并表明耐药的基因突变可以在临床抗病毒治疗过程中被诱导产生。     上述研究结果，一方面说明抗病毒治疗仍对绝大部分患者有效，一旦确诊应尽早治疗，同时提示在药物治疗前和治疗过程中有必要对病毒载量和耐药基因位点进行密切监测，及时调整治疗方案，以提高救治成功率；另一方面，研究结果也提示有关卫生主管部门对未来可能出现的H7N9耐药毒株的流行应予以高度关注，采取积极有效的防控策略，鼓励新型治疗方案的探索，加快新型抗病毒药物的研发。 参考文献： Association between adverse clinical outcome in human disease caused by novel influenza A H7N9 virus and sustained viral shedding and emergence of antiviral resistance.Hu Y, Lu S, Song Z, Wang W, Hao P, Li J, Zhang X, Yen HL, Shi B, Li T, Guan W, Xu L, Liu Y, Wang S, Zhang X, Tian D, Zhu Z, He J, Huang K, Chen H, Zheng L, Li X, Ping J, Kang B, Xi X, Zha L, Li Y, Zhang Z, Peiris M, Yuan Z.Lancet. 2013 May 29. doi:pii: S0140-6736(13)61125-3. 10.1016/S0140-6736(13)61125-3.

使用罗氏Cedex Bio生物过程分析仪对生物技术生产过程进行监控 D. Druhmann、S.Reinhard、F. Schwarz、C. Schaaf、K. Greisl、TL Nötzel     在开发和控制工业化生产重组蛋白的生物过程中，一项基本要素是要提供快速、准确且可靠的过程数据。对动物和细菌细胞培养物中的基质（营养物质）和代谢物进行准确的监控，是避免在发酵过程中营养不足，或有毒代谢终产物积聚的关键。不受控制的代谢物可对细胞生长及存活以及蛋白的质量和产量产生不良影响。因此，精确跟踪发酵过程能确保可重现性，且是优化过程开发和验证的关键。     测试的典型参数包括葡萄糖、乳酸、谷氨酸、谷氨酰胺、氨、钠和钾。目前，检测基质和代谢物的多参数分析仪系统采用酶膜的生物传感器和离子选择性电极。这些仪器的主要缺点是酶膜随着时间的推移准确度会下降，材料成本高昂，检测结果呈非线性，而且总体灵敏度和准确度较低。 罗氏Cedex Bio生物过程分析仪检测     Cedex Bio生物过程分析仪，和最近推出的Cedex Bio HT生物过程分析仪可应用于提升在发酵过程中的过程监控。Cedex Bio HT生物过程分析仪专为过程开发的高通量检测而设计，每小时最高测试数达320。Cedex Bio HT生物过程分析仪结果与Cedex Bio生物过程分析仪得到的结果完全一致。这项技术采用了罗氏成熟的仪器平台，相比目前使用的其他仪器，在其扩展检测范围内，显著提高了其灵敏度和可重现性（见表）。  Table. Comparison of measurement ranges       Cedex Bio生物过程分析仪配备了自动稀释功能，从而扩展了检测范围，显著降低了操作员人为造成的偏差。在Cedex Bio生物过程分析仪上，样本在上机之前无需人工稀释。各项光度测定（如LDH [乳酸脱氢酶]、IgG [免疫球蛋白]）和离子选择性电极（钠，钾）结合于同一台仪器，可对单个样本进行灵活的检测组合。 Figure 1. Accuracy and linearity comparisons for glucose, accuracy and linearity comparisons for lactate, and accuracy and linearity comparisons for glutamine Cedex Bio生物过程分析仪卓越的数据质量     利用相同的参考标准（参见图1中的血糖、乳酸和谷氨酰胺），将Cedex Bio生物过程分析仪与采用酶膜技术的成熟仪器进行了对比。日间平行对照实验结果表明，Cedex Bio生物过程分析仪具备更佳的准确性和线性。     此外，Cedex Bio生物过程分析仪的高灵敏度使得营养有限的发酵过程成为可能。而且，可检测到发酵过程中代谢物的细微变化。 根据该领域内的相关性研究得到的结果     酶膜分析仪需要进行繁琐的维护、校准和频繁的质控。对于批量饲养哺乳动物细胞的发酵过程而言，Cedex Bio生物过程分析仪相关性研究的数据质量更高（参见图2中的血糖和乳酸），而且表明了Cedex Bio生物过程分析仪能方便地取代酶膜分析仪而不会产生任何负面影响。 Cedex Bio生物过程分析仪能够分析样本的产品质量参数，如LDH（代表释放量[即胞浆蛋白酶]）和IgG（滴度），这是一个不可忽视的优势。  Figure 2A. Results of correlative studies—Glucose 总结     Cedex Bio生物过程分析仪在同一个平台上集成了三台设备的功能，可在数分钟内对同一个样本进行多参数测试。自动化稀释功能可减少需依靠操作人员的步骤和减少偏差。方便易用且稳定的光度计测定、离子选择测定和浊度测定既可靠又具备可重现性，且不同地点的多台仪器之间可做直接比较。由此得到的灵敏、精密且准确的分析数据能确保对发酵过程进行高水准的控制。  Figure 2B. Results of correlative studies—Lactate  

    来自德国及美国等处的研究人员针对基因组特别大，难以进行全基因组测序的动物，提出了以转录组测序与蛋白质组分析联合以解析功能基因的策略，并以蝾螈进行实验，开辟了组织及器官再生研究的新思路。该研究成果已发表近期的《Genome Biology》杂志上。       蝾螈是一种在侏罗纪中期演化的有尾两栖动物，目前存活的约有400种。红色斑点蝾螈虽然小，但其组织工程学技艺却令人惊叹。蝾螈在失去了组织，包括心肌、中枢神经系统元件甚至眼睛的晶状体后仍能再生。一般来讲，动物的再生组织的能力是所有多细胞动物所共有的古老程序，因此，医生们一直希望蝾螈的这种能力依赖于基础遗传学程序，而该程序潜伏在包括哺乳动物在内的所有动物中，这样他们就可以在再生医学中利用蝾螈的再生机制。     然而蝾螈的基因组十分庞大，比人类基因组大十倍，要从头获得蝾螈的全基因组序列不容易。因此研究者们将目光转向基因表达所产生的RNA，他们利用454新一代测序技术对蝾螈的转录组进行了研究。经过从头组装N. viridescens的转录组，获得了超过120,000个RNA转录本，约有15,000个转录本编码蛋白质，其中有826个转录本是蝾螈所特有的。这些转录本中包含了不同器官所有再生阶段的转录本，这些转录本中的一部分与其它生物相似。通过对蝾螈胚胎和幼体的心脏、四肢、眼睛、尾、肝脏、脾脏等组织中再生过程表达的蛋白的分离以及质谱分析方法，对这些蛋白进行分类及与转录本的比对。     通过454新一代测序结果与质谱技术的结合，发现了500多个其它生物中从未被发现的肽段，接下来会进一步探索这些蛋白是否与再生能力相关。这项研究不仅为目前科学家们提供了两栖类动物的基因数据，更为基因组测序困难的动物研究，提出了一种新思路。     参考文献： Genome Biol. 2013 Feb 20;14(2):R16. A de novo assembly of the newt transcriptome combined with proteomic validation identifies new protein families expressed during tissue regeneration.Looso M, Preussner J, Sousounis K, Bruckskotten M, Michel CS, Lignelli E, Reinhardt R, Hoeffner S, Krueger M, Tsonis PA, Borchardt T, Braun T.

    罗氏454测序在HLA分型方面的应用由来已久。最近，奥地利一实验室对临床样本通过GS Junior测序实现了高分辨率分型，该平台已经于去年底通过欧洲认证，将在纳入奥地利的医疗保险体系，用于病人移植前配型。     负责该实验的研究人员表示通过GS Junior可以高效、低价以及高分辨率对HLA基因进行分型，结果可用于移植前的配型。该实验室自主建立了测序前样本制备自动化方案，测序实验方案，以及测序后的生物信息分析流程，结合GS Junior的高通量单克隆测序，可以达到现有的Sanger测序HLA分型准确性，而又拥有成本和价格方面优势，足以代替原有方法。     在目前的实验中，一次GS Junior实验可10个样本、每个样本17个外显子同时测序，这些测序位点既包括常用的HLA基因分型测序外显子如HLA I类、II类基因的第2、3外显子，而且为进行高分辨率判断，还包括了额外的部分内含子和外显子区域如HLA-C基因的第7外显子。     文库制备的自动化方案依靠Hamilton的自动化移液平台实现，仅需要一个实验员2个小时的手工操作时间，就可以满足该平台的通量需求，因而保证了GS Junior平台的临床应用。数据分析方面，采用了Conexio公司的一款基于454测序数据而开发的软件，实验室成功建立对大量数据有效数据分析流程。     该实验室在2012年的这一实验平台对172个病人进行分型，这些病人已有Sanger测序数据以及部分亲属的Sanger测序结果。比较后，发现GS Junior的结果与Sanger结果一致，部分结果甚至达到了更高的HLA基因型分辨率，从而获得了平台认证。     454平台之外，该实验室曾尝试使用其他二代测序平台进行HLA测序，但从目前的数据结果来看其他平台的数据还不能到达HLA分型的要求，主要原因在HLA分析对读长要求高，只有在足够长的读长下才可以保证分型判断的准确性。     除了该实验室自主开发的这一测试之外，罗氏也有基于454平台的HLA分型试剂盒GType HLA Kit可进行高分辨率及中分辨率的分型，此外也有其他实验室在利用454平台开发自己的实验流程。随着更多这类试剂盒及自动化方案的推出，相信将为临床等相关应用提供更多参考信息。

    众所周知，肺结核多数是由结核分枝杆菌感染肺部引起的肺部感染性疾病，已成为一个严重威胁人类健康的疾病。世界卫生组织（WHO）统计表明，全世界每年发生结核病800～1000万，每年约有300万人死于结核病，是造成死亡人数最多的单一传染病。1993年WHO宣布“全球结核病紧急状态”，认为结核病已成为全世界重要的公共卫生问题。我国是世界上结核疫情最严重的国家之一。     然而细菌也一直处于不断突变及进化的过程中，要对症下药就需要知道细菌的准确分型。传统的细菌分型技术仅针对细菌的某几个基因进行检测，在传染病疫情爆发时往往缺乏更具体的信息，于是在全基因组测序费用不断下降的现在，研究者们也在尝试用新一代的检测技术对细菌进行分型，以发现传染病爆发的传播模式和几率。     近期，据《PLoS Medicine》杂志报道，有研究者们利用454技术对86例人结核分枝杆菌进行了全基因组测序，并与传统分型技术结果进行了比较。这86例细菌是从1997年和2010年两次爆发的2301个结核病患者身上分离出来的。通过新一代测序技术的检测结果，研究者们表示，全基因组测序法揭示了第一次结合爆发所分离的人结核分枝杆菌不属于最近爆发的结合杆菌传播链，另外通过计算估计出人结核分枝杆菌每2.5年会发生1个发生突变，这表明细菌在感染的人群中倍增的时间为22小时或每年400代，因此，只有通过全基因组测序进行细菌分型才能够提供准确的关于结核分枝杆菌爆发的相关流行病信息。       参考文献：Roetzer A, Diel R, Kohl TA, Ru¨ckert C, Nu¨bel U, et al. (2013) Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of aMycobacterium tuberculosisOutbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study. PLoS Med 10(2): e1001387. doi:10.1371/journal.pmed.1001387

    HIV耐药性是指病毒对某种药物敏感性降低，在某些核酸类药物抑制下，病毒可通过自身基因突变获得对这些药物的抗药性，而当有抗药性的病原微生物再传染他人时，即可对这些药物产生抗药性。由于HIV繁殖存在错误率高的逆转录这一独特的复制过程，因此在药物治疗中也最易出现耐药性。当前，HIV耐药株已成为医学界面临的一个新挑战。     HIV耐药检测可用于HIV感染的辅助诊断、病程监控、指导治疗方案及疗效判定、预测疾病进展等。传统的基因型检测方法是将HIV病毒的Pol基因区(蛋白酶区和逆转录酶区)序列进行反转录扩增，通过Sanger测序技术获得序列信息，与全球HIV耐药基因数据对比分析耐药位点，得到耐药结果。这种检测方法只能看到高于20%含量的耐药位点突变情况，而且不能进行定量检测。     近期，有研究者们利用GS Junior平台一次性检测10个HIV临床样本，这些病人之前用传统技术诊断过，有9名发生了耐药突变，另外11名没有发生耐药突变。结果在11人中的6人检测结果里发现了新的低频耐药突变，发现的低频耐药突变种类高达50种。     该研究充分说明，利用454深度测序技术可以达到传统检测方法无法检测的灵敏度，除了可以进行定量检测耐药位点突变情况外，还可检测低至1%的突变情况，从而为HIV治疗提供了更加准确的信息。该研究成果也发表在2013年1月的《临床微生物学》杂志上。   参考文献： J Clin Microbiol. 2013 Jan 2.Evaluation of a Bench-Top HIV Ultra-Deep Pyrosequencing Drug-Resistance Assay in the Clinical Laboratory.Avidor B, Girshengorn S, Matus N, Talio H, Achsanov S, Zeldis I, Fratty IS, Katchman E, Brosh-Nissimov T, Hassin D, Alon D, Bentwich Z, Yust I, Amit S, Forer R, Shultsman IV, Turner D.

    随着全球工业化的迅速发展, 矿产资源的开发进一步加剧, 由此而产生的酸性矿山废水( AMD) 已经成为许多国家水体污染的主要来源之一。酸性矿山废水若不经处理任意排放就会造成大面积的酸污染和重金属污染, 它能够腐蚀管道、水泵、钢轨等矿井设备和混凝土结构, 还危害人体健康。另外, 酸性水会污染水源, 危害鱼类和其他水生生物; 用酸性水灌溉农田, 会使土壤板结, 农作物发黄, 并且随着酸度提高, 废水中某些重金属离子由不溶性化合物转变为可溶性离子状态, 毒性增大。     对于酸性矿山废水的处理主要有这几种方法: 中和法、人工湿地法、硫化物沉淀法和微生物法。其中微生物法就是利用硫酸盐还原菌( SRB) 在厌氧条件下将AMD 中的硫酸盐还原为硫化物, 生成的硫化物再与废水中的重金属发生反应生成难溶解的金属硫化物。由于微生物技术的处理效果较好, 成本也较低, 且无二次污染, 因而受到广泛关注。     国内科学家对中国东南部14个地区的59个AMD样本进行了微生物群落分布的研究。通过对AMD样本中的微生物16SrRNA基因进行454测序，对测序结果进行了物种分布和聚类的分析，最终发现，影响微生物群落的主要因素并不是地域，而是环境的变化，如铁离子、硫酸根离子、有机物含量等等，相关学术论文发表在《自然》子刊ISME(International Society for Microbial Ecology)上。     通过对不同环境的微生物群落分布的研究，加深了人们对极端环境下微生物多样性的了解，为将来利用微生物技术对AMD进行处理和控制具有一定的理论和现实意义。       参考文献：ISME J. 2012 Nov 22. doi: 10.1038/ismej.2012.139. Contemporary environmental variation determines microbial diversity patterns in acid mine drainage.Kuang JL, Huang LN, Chen LX, Hua ZS, Li SJ, Hu M, Li JT, Shu WS.

    棉花是全球重要的经济作物之一。它的纤维，俗称皮棉，是纺织工业主要的天然原料。全世界棉花种植面积约5亿亩，我国常年种植面积近8千万亩。棉花不但是重要的纤维和油料植物，而且是重要的植物蛋白来源。在食用油中，棉籽油的亚油酸含量最高，达到55.6%。除此以外，棉花种子中还含有极为丰富的蛋白质和脂肪等物质，棉籽榨油后的棉籽粉蛋白质高达45%—50%，远胜过大米、小麦，甚至超过花生、大豆的蛋白质含量。然而，由于一般栽培棉品种的种子和植株具有色素腺体，而色素腺体中含有的棉酚及其衍生物对人和单胃动物有毒，棉酚是棉属植物特有的化合物，这直接制约了棉籽作为食物资源的开发和利用。     近日，来自8个国家的70多名科学家共同参与的国际合作项目----棉花基因组测序完成。该研究的学术文章《棉花基因组的多倍化及纤维的发育》发表在《自然》杂志上。研究中，科学家们结合传统的Sanger测序与新一代454测序技术对雷蒙德氏棉基因组进行了组装工作，获得了其87.7%的全基因组序列，通过比较基因组以及进化分析发现，雷蒙德氏棉约在1300—2000万年前经历了一次全基因组复制事件。这次复制事件很可能不是雷蒙德氏棉的第一次基因复制，早在约1亿多年前，雷蒙德氏棉就可能经历了一次基因组复制事件。这些研究结果有利于人类认识古双子叶植物基因组的复制机制。经过雷蒙德氏棉基因组自身比对后，科研人员共鉴定出了2355个共性区域，并发现约有40%的旁系同源基因出现在不止一个共性区域，这表明了雷蒙德氏棉基因组在进化过程中可能经历过大量的染色体重排事件。     自2008年以来，棉花全基因组测序成为棉花基础研究领域的热点问题。下一步要在该成果基础上开发出快捷分子育种工具，实现基因组水平上的棉花分子设计育种，培育出高产、高质、抗病抗旱的棉花优良新品种。分子辅助设计育种和常规育种相结合是未来作物育种研究的必然发展方向，建立在基因组学研究基础上的分子辅助设计育种，因分子标记数量巨大、且不受基因表达时间、显隐性关系和环境条件的影响，大大提高了育种选择的准确性，缩短了育种周期，提高了选择效率。     参考文献：Repeated polyploidization of Gossypium genomes and the evolution of spinnable cotton fibres. NatureVolume:492,Pages:423–427Date published:(20 December 2012)DOI:doi:10.1038/nature11798

罗氏诊断助力中国控制医疗成本 罗氏诊断通过提供拯救生命的诊断系统和工具 帮助中国应对其日益增长的心血管疾病发病率 　　北京，2009年5月19日——新医改方案刚刚公布，中国政府宣布要大幅增加公共医疗卫生投入。如何用一种不同的方法来负担随之高涨的医疗卫生支出，并加以有效控制，成为政府以及个人必须面对的问题。提高对于诊断的应用可以作为有效的解决途径之一。诊断作为当今医疗服务中日益重要的一部分，可以通过提供有针对性的创新来解决中国日益增长的医疗负担。 　　罗氏诊断同罗氏制药一样，是罗氏集团的一部分，在体外诊断领域是全球的领先者。其产品通过对血液及其他人体体液和组织的检验，为专业医护人员制定治疗方案提供所需的信息。 　　罗氏诊断亚太区董事总经理罗兰·迪格曼(Roland Diggelmann)先生表示：“增加诊断检测的应用是能够为全球最大程度地节约医疗费用的途径之一。虽然目前诊断检测在包括中国在内的世界各国使用率相对偏低，但精确、早期的诊断能便于医护人员为患者确定合理的治疗方案，并且能够精确监测和管理治疗进程，从而大大节省门诊和住院所产生的直接医疗成本及费用。” 　　目前全球的医疗总支出约为25000亿美元，但其中仅有1%用于诊断检测[1]，然而医疗决策中约有三分之二的部分依赖于诊断结果。在1993到2006年间，中国城市和农村的医疗开支分别增长了超过10倍和5倍，并且还在继续增长 (中国卫生统计2008年数据) 。中国的医疗消费预计未来五年将以每年11%的速度攀升，因而通过广泛使用诊断检测将节省大量医疗开支。 　　为帮助中国解决预期的医疗投入的增长，罗氏诊断一直在与医疗界密切合作，寻找和提供具体的诊断系统和工具来不断提高检测效能，提高产品的医学价值，并最终带来更好的医疗效果，并大大节省医疗开支。 　　罗氏诊断大中华区总经理黄柏兴先生表示：“近些年来，作为中国以及全球头号死因之一的心血管疾病在中国的发病率显著提高。罗氏诊断拥有全系列的检测和诊断设备，比如用于早期和精确诊断心脏衰竭的检测指标——N端前B型利尿钠肽(NT-proBNP)，以及帮助病人自我监测抗凝水平的康固全血凝仪(CoaguCheck)。这些诊断工具能够帮助医生和患者更好的管理心脏疾病，从而提高患者的生活质量，保障长远的健康利益。” 　　中国的心血管发病率持续增加，据估计我国目前至少有2.3亿人患有心血管疾病。到2011年，中国60岁以上的老年人口预计将超过5400万(根据Economist Intelligence Unit的数据)。因此对于老年化疾病，比如心血管疾病等进行精确、早期的诊断有助于防治病情的恶化，带来更好的病情管理，从而节省因并发症以及住院所产生的医疗成本及费用。 　　据国内知名的心血管疾病专家介绍，应用诊断系统和工具带来的早期诊断和预防使得心脏病并发症的发病率有了显著的下降。首都医科大学附属北京安贞医院老年心内科主任周玉杰博士表示：“中国目前约有800万人患有心房颤动疾病，这是需要抗凝治疗的一种常见心脏病。康固全(CoaguChek)血凝仪为病患提供了一种简单、快速和方便的方法来直接监测他们的INR值(血凝固状态国际标准化比值)。这不仅能够节省医疗成本，而且能有效的阻止并发症，从而带来更好的疗效，提高病人的生活质量。” 　　中国人民解放军总医院心脏中心南楼心血管二科副主任骆雷鸣博士表示：“心脏衰竭是一种早期没有明显症状的渐进性疾病，它有时是致命的。超过60岁的老年人，吸烟者，或患有高血压、高胆固醇、以及有心脏病家族病史的人群是心衰的高危人群。N端前B型利尿钠肽(NT-proBNP)能够帮助医生早期诊断心脏衰竭。定期监控N端前B型利尿钠肽(NT-proBNP)指数，能够帮助医生早期并正确诊断心衰, 及时介入治疗并改变生活方式, 以此阻止或减缓心衰的疾病恶化,并且降低患其它可能致命的严重心脏疾病的风险。患者也将因此享有更好的生活质量和更长的寿命。” 　　诊断系统和工具目前在中国的各大医院被广泛使用，这为医生和医学专家提供快捷、精确以及可靠的信息，从而帮助他们做出正确的治疗决定。 　　“罗氏诊断为医生不断提供更具创新性的产品，使他们能够将检测结果融入临床治疗决策，从而使病人得到最为合理的病患管理。” 迪格曼先生强调道。“正确的使用诊断检测能够带来更好的治疗效果，提升医学价值，以及节省医疗成本。” 　　据美国国家质量保证委员会资料显示，在2004年，由于不遵守诊断的质量标准，仅糖尿病、心血管疾病、结肠直肠癌和乳腺癌这几种疾病，就导致了56,200起本可避免的负面医疗卫生事件，多达34,000起可避免的死亡事件，并且耗费了8.99亿美元本可避免的医疗护理费用。 罗氏诊断亚太区董事总经理罗兰迪格曼先生介绍诊断的价值 罗氏诊断大中华区总经理黄柏兴介绍罗氏诊断在大中华区的快速发展 　　关于罗氏 　　罗氏总部位于瑞士巴塞尔，在制药和诊断领域是世界领先的以研发为基础的健康事业公司之一。作为世界上最大的生物科技公司，罗氏在肿瘤、病毒学、炎症、代谢和中枢神经系统疾病领域拥有真正差异化的药物。罗氏是体外诊断、基于组织诊断的癌症诊断领域的全球领先者，同时是糖尿病护理领域的先驱。罗氏倡导的个性化医疗战略旨在通过为患者提供药物及诊断工具帮助他们改善健康状况，提高生活质量和生存率。 　　罗氏集团共拥有约 80,000名员工，2008年罗氏投入90亿瑞士法郎用于研发，销售额达到456亿瑞士法郎。美国基因泰克是罗氏集团的全资子公司，罗氏同时持有日本中外制药的多数股份。 　　更多罗氏集团信息请登陆罗氏全球网www.roche.com

罗氏最新推出可检测甲型 H1N1 流感病毒的完整试剂盒 　　2009年5月14日，罗氏应用科学部宣布已成功研制开发了一款可检测甲型H1N1 流感病毒的检测试剂盒，目前也正在向卫生组织申请获取批准用以突发事件。 　　该试剂盒可应用于罗氏LightCycler® 480，2.0 和1.5荧光定量PCR平台上，快速筛选病毒阳性样本，检测出最新的甲型 H1N1流感病毒。与目前市面上现有的试剂盒相比，该款试剂盒在效率和操作方面都具有更大的优势。 　　罗氏应用科学部总监Manfred Baier在提到该产品时说到 “感谢多方面的研究合作所提供的信息，帮助我们研制和设计出该款全新检测试剂盒。我们很高兴可以提供这样快速、可靠的甲型 H1N1流感病毒检测工具。” 　　罗氏应用科学部提供的多样化产品可有效应用于甲型 H1N1流感病毒的检测鉴定，包括MagNA Pure 自动核酸纯化系统和High Pure手动核酸分离纯化系列产品，LightCycler®荧光定量PCR系统，NimbleGEN芯片系统以及Genome Sequencer高通量测序系统。目前，公司也正在于全球多个研究机构和检测中心合作，对甲型H1N1流感病毒的特性和检测方法进行研究。 　　目前，市场上还没有有效的疫苗可抵抗甲型 H1N1流感。标准的治疗方案是采用达菲(Tamiflu)或是乐感清(Relenza)。想要了解更多有关甲型 H1N1流感的相关信息，请登陆www.who.int 。 Roche Launches Complete Detection Kit for Influenza A /H1N1 on LightCycler® System 　　Roche Applied Science announced today the availability of a new detection kit for the Influenza A/H1N1 virus. The detection tools are offered for use in life science research. Roche currently is filing to get approval of the local health authorities worldwide for use of the kit in emergency situations. 　　The kit runs on Roche´s LightCycler® 480 II, 2.0, and 1.5 systems. It was evaluated with virus positive sample materials and selectively identifies the new Influenza A H1N1 virus. Compared with other detection kits, it features a couple of advantages in regard to efficiency and handling. 　　“The design of the new detection kits benefitted very much from information we got out of our manifold research cooperations. We are glad of our contribution in supplying fast and reliable tools for the detection of Influenza A/H1N1 to the research community,” said Manfred Baier, Head of Roche Applied Science. 　　Applied Science offers a variety of platforms that can be used to help identify the Influenza A H1N1 virus, including Nucleic Acid Purification, Real-Time PCR, Microarrays and Sequencing systems. The company is in close contact with various research institutions and test centers worldwide providing assistance in the detection and characterization of Influenza A H1N1 virus. 　　Currently, there is no human vaccine on the market that protects against swine influenza infection. Standard therapy for the disease includes treatment with antiviral drugs like Tamiflu or Relenza. For more information on Influenza A H1N1 please visit www.who.int.