第17期分享讨论:小鼠内脏组织样品研磨提取核酸、微生物(文末有彩蛋)
本周昊诺斯第17期组织研磨和样品处理分享、讨论,我们邀请到了实验动物监测所袁老师给大家分享,内容是——小鼠内脏组织样品研磨提取核酸、微生物。
那接下来,就让我们先睹为快,看看这个案例的情况。
实例1:加裂解液直接匀浆(使用trizol提取组织rna)
1、取适量组织装入离心管,组织尽量剪碎成小块;
2、在离心管中加入氧化锆珠数颗(一次性使用);
3、先加入trizol(不建议加入太多 trizol,液体体积过大影响匀浆效果),盖好管盖,装入鼎昊源tl2020组织研磨仪适配器中,安装上机。
4、组织研磨仪研磨参数设置为一定转速,研磨时间为2~5min(不同组织研磨时间不同,脑1min,肝脏、脾脏和肾脏2min、肺脏比较难研磨需3~5min,可能更长,中间应停顿1~2次防止温度过高,研磨前最好先用液氮或放置在-80度冰箱预冷);
5、再加入适量trizol至总体积;
6、后面步骤按trizol说明进行。
实例2:先匀浆,再取一定量液体加裂解液进行核酸抽提,本protocol适用提取小鼠组织中的病毒的核酸
1、取适量组织装入离心管,组织尽量剪碎成小块,样品量较多时使用大离心管;
2、在离心管中加入氧化锆珠数颗,使用大离心管时,可以将氧化锆珠数量增加;
3、加入适量的灭菌pbs或生理盐水,总体积为离心管单管体积的1/3~1/2为好,盖好管盖,装入鼎昊源tl2020组织研磨仪适配器中,安装上机(研磨前最好先用液氮或放置在-80度冰箱预冷)。
4、组织研磨仪研磨参数设置为一定转速,研磨时间为1~5min(不同组织研磨时间不同,脑1min,肝脏、脾脏和肾脏2min、肺脏比较难研磨需3~5min,可能更长,中间应停顿1~2次防止温度过高),若研磨不充分,可以继续研磨到充分为止;
5、一定温度、转速,离心数分钟;
6、取上清液按照试剂盒说明书进行后续提取步骤。
实验1中,我们之前试过一齐加1ml的trizol,可能是体积过大,反而匀浆效果不好,所以就改成先加一部分裂解先匀浆,然后再补齐1ml体积。
昊诺斯嘉宾:实验1中,我们之前试过一齐加1ml的trizol,可能是体积过大,反而匀浆效果不好,所以就改成先加一部分裂解先匀浆,然后再补齐1ml体积。
昊诺斯嘉宾:如果前面匀浆充分了,后面补齐裂解后不需要再研磨的,只需稍微混匀就可以。
用户:可以选择干磨吗?就组织直接扔进去弄成匀浆或者粉末,我再根据需要加trizol或者蛋白裂解液
昊诺斯嘉宾:跟大家分享下,我们最近用组织研磨仪用于抗原加佐剂的乳化,效果还不错。一机两用。
昊诺斯嘉宾:组织干磨效果不好,需要加入适量的液体,没有液体很多组织挂在壁上。
用户:提取下的核酸用途是什么?这个是我最关心的。
昊诺斯嘉宾:我们用于病原微生物检测。
用户:怎么个检测法您能给我简单介绍一下吗?
昊诺斯嘉宾:所以我们用的最多的是实验2,先匀浆,破碎组织,释放组织细胞中的病毒,。
昊诺斯嘉宾:主要采用pcr为基础的分子生物学检测。
用户:嗯,pcr,我知道了,谢谢。
昊诺斯嘉宾:不客气。一般的组织核酸抽提试剂盒中,都会有一部匀浆的步骤。
昊诺斯嘉宾:以前没有研磨仪的时候都是用研钵手工匀浆,一天几十上百个样品,累成狗。
用户:研磨如果用液氮处理,里面的液体不会冻住吗?
用户:我也有这个疑问,看来这个仪器是核酸分析必须的。
昊诺斯嘉宾:开始会冻住,等研磨到一定时间就自然解冻了,我们处理时只是让它预冷一下,最好不要冻住。所以一般是放在-80度冰箱稍预冷一下就可以了
用户:嗯!
用户:谢谢
昊诺斯嘉宾:是的,核酸检测必备。
用户:早些天我看一个打沙棘的视频,冻掉以后,直接就打下来了,所以冷冻还是有效果的,原理是一样的。
昊诺斯嘉宾:还要讲一下,选质量好的ep管,现在一些国产的ep管质量太差,盖不严,导致液体漏出。如果预冷的话,一些ep管就可能被打碎了,我们有过这样的例子。
用户:我们也因为质量不好的ep管影响过实验,所以试剂耗材也很重要。
昊诺斯嘉宾:同意。
用户:一定要选择质量有保证的产品。
昊诺斯嘉宾:是啊。关于振动频率说明一下,我们选的频率比较高,我看到有的资料上讲一般动物样品如大脑、心脏、肺、胃、肝脏等无骨骼组织的研磨推荐频率是1000-1100r/min研磨时间是1-2min,具体的频率可根据样品材料及数量的不同,做适当的调整。过大的频率或者时间都可能会导致部分dna的断裂,建议每次研磨时间在1mm左右,中间停顿一会,重复2-3次。
用户:谢谢袁老师。
最后,让我们共同期待第18期“组织研磨和样品处理分享、讨论”活动吧!下期,我们不见不散!
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