如何应对细胞株系开发数据挑战

贝克曼库尔特

2020/10/23 14:39

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细胞株开发是众多具有重大数据挑战的工作流程之一。与任何筛选过程一样，样本通量带来了数据量的挑战。当使用多种分析工具以不同格式生成不同类型的数据时，这就变得更加具有挑战性。这不仅需要在不同的孔板和孔之间移动数据，而且整个过程可能会延长数月。在整个过程中，必须对数据进行追踪，以确保进入生产的任何细胞株都有必要的历史数据（例如单克隆性的证明），并且为了报告需要，所有的数据都可以被方便地访问。在这里，我们将描述在Biomek i7工作站（图1）上自动化细胞株开发如何克服与此工作流程相关的许多数据挑战。

图1：Biomek i7工作站与三方设备整合一起被用于自动化细胞株开发工作流程。

作为液体转移步骤的一部分，Biomek软件会自动移动数据，因此数据可以随着样本移动而并行移动（图4）。同时，数据也可以存储在DART数据库中，未来任何时候扫描孔板条码时，相应的数据都会被自动检索出来。DART提供了不同时间交互的方法之间的链接（图4）——在诸如细胞株开发这样的长时间工作流程中，这是一个关键组件。

图3：自动化数据处理示意图。

除开存储和利用数据，DART数据库可以通过多种方便的方式访问。为了以用户友好的方式进行快速可视化，可通过Chrome浏览器直接实时查看（图6A），同时可以使用DART报告生成器在Excel中生成报告。

图6：DART数据查看和报告。

在任何实验中产生的数据使实验有价值。数据处理中的任何错误都可能消除这个价值，甚至可能将研究进程推向错误的方向。对于像细胞株开发这样长达数月的工作流程，数据丢失或错误的风险更大，因此，确保数据完整性的工具至关重要。Biomek和DART软件通过使数据完整性过程自动化且易于获取，可以为细胞株开发过程提供真正的价值。

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