人类基因组计划的顺利实施，使生命科学研究的重心正逐渐转到生物功能的整体研究。基因组学由于自身的局限性，它不能回答诸如：蛋白质的表达水平和表达时间，翻译后修饰以及蛋白质与蛋白质或与其他生物分子的相互作用等问题。作为基因研究的重要补充，蛋白质组学在蛋白质的水平上定量的、动态的、整体的研究生物体。蛋白质组(Proteome)概念是最早是由澳大利亚学者Wilkins和Williams于1994年提出的，即基因所能表达的全部蛋白质，更为清楚的表达是细胞或组织或机体在特定时间和空间上表达的所有蛋白质。具体说它是对不同时间和空间上发挥功能的特定的蛋白质组群进行研究，进而在蛋白质的水平上探索其作模式、功能机理、调节调控以及蛋白质组群内的相互作用，从而为临床诊断、病理研究、药物筛选、新药开发、新陈代谢途径研究等提供理论依据和基础。     从整体上看，蛋白质组研究包括两个方面，一方面是对蛋白质表达模式的研究即蛋白质组组成的研究，另一方面是对蛋白质组功能模式(目前主要集中在蛋白质组相互作用网络关系)的研究。对蛋白质组成的分析鉴定是蛋白质组学中与基因组学相对应的主要部分，它要求对蛋白质进行表征即实现所有蛋白质的分离、鉴定即其图谱化。蛋白质间的相互作用归纳起来有以下类：1)分子和亚基的聚合；2)分子杂交；3)分子识别；4)分子自组装；5)多酶复合体。通过分析一个蛋白质是否能和功能已知的蛋白质相互作用可得到揭示其功能的线索。目前，蛋白质组研究的手段主要是通过高通量2DE进行蛋白质分离，再用专业计算机软件(如：Melanie3，ImageMaster2D)进行图像分析，然后通过质谱(massspectrometry，MS)技术(包括ESI-MS和MALDI-TOF-MS)及蛋白质信息处理技术对凝聚上的蛋白质定性分析与鉴定。蛋白质组学(Proteomics)是研究在特定时间或环境下某个细胞或某种组织的基因组表达的全部蛋白质。蛋白质组学的真正含义在于：它不是按照传统的方式孤立地研究某种蛋白质分子的功能，而是应用各种蛋白质组学技术研究某种蛋白质在复杂的细胞环境中的功能。蛋白质组学旨在列出全部蛋白质的细目，弄清每一个蛋白质的结构和功能及蛋白质群体内的相互作用，对比在疾病和健康状态下它们的表达水平的变化。      蛋白质组学分为表达蛋白质组学和细胞图谱蛋白质组学。前者利用各种先进技术研究蛋白质表达的整体变化，即研究在机体的生长发育、疾病和死亡的不同阶段中，细胞与组织的蛋白质组分的变化；后者主要通过分离蛋白质复合物系统地研究蛋白质间的相互作用。