随着高通量测序技术的不断发展和测序成本逐渐降低,三代测序技术以其独特的长读长优势,可以很好地解决重复序列高、杂合率高和T2T（Telomere-to-Telomere）基因组的组装。结合BioNano光学图谱和Hi-C三维基因组技术构建高质量的参考基因组,同时利用长read精确分析染色体结构变异(structural variation,SV)。基于NGS测序数据的RNA-seq、ChIP-Seq、ATAC-Seq、m6A、BS-seq、HiC-seq、DAP-seq和CrY2H--seq技术,从全基因组水平研究转录组、组蛋白修饰、染色质状态、甲基化、染色体高级结构和DNA/蛋白质互作,使基因组SV和表观遗传研究成果为作物品种改良提供新的科学依据。