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仪器信息网 3i讲堂 建立在近千份油菜种质资源基因组重测序基础上的全基因组关联分析(以开花期和叶毛性状为例)
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建立在近千份油菜种质资源基因组重测序基础上的全基因组关联分析(以开花期和叶毛性状为例)

通过对991份世界油菜资源进行基因组重测序并与Darmor-bzh参考基因组的比对,鉴定到了存在于991份世界油菜种质群体中的556万个单核苷酸多态性(SNP)和186万个插入与缺失片段多态性(InDels)。在此基础上,我们进行了(1)世界油菜的起源与迁徙轨迹分析;(2)驯化过程中的定向选择所留下的遗传印迹分析(选择清除性分析);以及(3)油菜三种生态类型形成的分子基础分析。通过优化,我们建立了群体大小仅250个左右,但是SNP与Indel的数目却分别高达539万、180万的核心种质GWAS平台,我们以开花期(生育期)、叶毛的形成为例,对如何利用这个平台,进行高效快捷的农艺和品质性状遗传调控分析进行了探索。迄今,我们已经在公共数据库释放了4TB的原始测序数据,并开放了991个种质资源的代码,供同行开展合作研究。

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