赛默飞Orbitrap Fusion Lumos三合一质谱

帮助将信息管理软件与现有工具集成，从而提高生产效率，加强协作，确保及时、一致、准确地集成数据。 结合色谱高效的分离能力和专业的结构解析软件，赛默飞建立了专门针对杂质分析的解决方案。

PepFinder软件对单克隆抗体进行常规肽图分析的各种应用。结果表明，使用PepFinder软件可以简便快捷的得到序列覆盖度分析的结果，并且可以对脱酰胺等生物医药质控中重要的翻译后修饰进行鉴定以及定量。PepFinder独具的单克隆抗体分子量计算功能及二级谱图智能预测功能大大减少了分析人员花费在数据处理上的时间；在PepFinder2.0版本中，新增的De Novo Sequencing功能和mgf格式文件、pinpoint txt文件输出功能帮助分析人员对数据进行不同平台上的深入挖掘。通过生成快速、全面的肽段表征及自动化的修饰位点总结报告， PepFinder 软件能够大幅减少生物产品详细表征所需的时间和精力。

使用ProSightPD可对复杂蛋白质混合物进行自动化的高通量top-down蛋白质组学研究。仅用5 µg蛋白，即可鉴定到大肠杆菌核糖体蛋白复合物中超过90%的组成蛋白。得益于Orbitrap质谱的高分辨率和高质量串联谱图，ProSightPD可精准测定蛋白质序列、蛋白翻译后修饰类型及位点。这一工作流程可用于蛋白复合物的组成研究和翻译后修饰研究等，与bottom-up和native MS等蛋白质组学技术互为补充，提供更加全面的蛋白质结构信息。

第二代“三合一”质谱——Orbitrap Fusion Lumos 通过诸多技术革新和性能深度优化，除解决复杂糖肽结构解析、完整蛋白Top-Down 分析等最具挑战的疑难问题外，也能够很好地进行复杂样品中的低丰度蛋白/化合物定性定量，更为高效地进行蛋白质组学深度测定，并应用于大规模临床样本等的高强度检测。

Orbitrap Fusion Lumos 是基于 Q-OT-qIT 平台的第二代“三合一”质谱，通过离子入口、离子透镜、四极杆、ETD和真空技术等方面的深度改进，将仪器整体性能优化至极致。配合“三合一”质谱魔法般的功能，Orbitrap Fusion Lumos 能够有效应对蛋白质组学和代谢组学最复杂的分析挑战。本文从定性定量极限灵敏度、抗污染性能、翻译后修饰和top-down解析等方面，介绍了第二代“三合一”质谱的性能突破和应用进展。

在 Thermo Scientific TM Q Exactive TM 仪器平台上，采用 Thermo Scientific TM TMTsixplex TM 和 TMT10plex TM 工作流程，建立最优 的质谱数据采集方法将其应用于蛋白质的相对定量研究中。本文详细介绍了该工作流程所涉及的样品前处理、肽段分离和质谱分析等过程，以及采用 Thermo Scientific TM ProteomeDiscoverer TM 软件 2.1 版本对数据进行处理和分析的具体流程。

血液是最重要的临床检验样品来源。精准医学研究中的大队列生物标志物研究对于分析方法提出了高通量和高稳定性的要求，利用Orbitrap Fusion Lumos质谱极佳的灵敏度和稳定性，我们发展了一种快速、稳定的高通量血浆蛋白质组研究策略。简化的前处理步骤通量高、稳定性好，仅用1小时梯度即可定量700种蛋白，2.5小时梯度可定量超过1000种蛋白。基于高通量的深度血浆蛋白质组解析，我们可从大规模临床队列中发现潜在的生物标志物，助力精准医学研究。

本次实验比较了最新高分辨质谱仪Orbitrap Fusion 使用MS2 定量方法以及SPS MS3 定量方法在定性与定量蛋白质数目以及定量结果之间的差异，在16h 的总检测时间内，MS2 定量方法一共鉴定了3022 个蛋白质，其中有2994 个蛋白质有定量结果，SPS MS3 定量方法一共鉴定到了2788个蛋白质，其中有2612 个蛋白质有定量结果。从结果看，由于MS2 定量方法的扫描速度要略高于SPS MS3 定量模式的扫描速度，因而最终的结果显示前者可以鉴定并定量到更多的蛋白质，但是SPS MS3 定量方法可以鉴定并定量到更多低丰度的蛋白质，此外，由于MS2 定量方法容易受到基质干扰，定量差异偏小，结果不够准确。

从上述结果可以得出，LTQ-Velos-Pro-Orbitrap-Elite检测结果可靠性高，系统稳定性高，质谱质量轴稳定性高，在短时间内可以鉴定到大量高可信的磷酸化修饰肽段以及磷酸化位点，可以很好的应用于磷酸化蛋白质组学研究，同时本次实验还说明对样本使用TiO2进行多次重复富集可以显著提高样本中磷酸化肽段的比例，提高磷酸化肽段与位点的鉴定数目。