1.对于低浓度的目标峰响应影响。低浓度目标峰峰高本来低，基线漂移大可能导致低浓度目标峰掩盖，难以识别。
2.对于目标峰积分影响。目前大部分的色谱软件积分程序都是识别基线斜率来判定峰的起始和结束，基线漂移大会导致程序识别峰错误或者积分不合适导致结果不正确。
3.对于仪器准备就绪的影响。很多仪器开始分析前会判断仪器是否准备就绪，判断仪器就绪的点有很多（有些色谱软件可以设置），其中就包括基线斜率（即基线多长时间内的漂移值）。
4.对于结果报告的影响，基线漂移越大，打印出来的报告一般是越丑。