反向冲洗柱子的好处是有的，当一个色谱柱压力过大的时候可以反冲。反冲的时候要注意以下几点：
1.反冲由于可以把柱子入口出的杂志冲洗下来，所以要把检测器断开，以免污染流通池，甚至堵塞流通池。
2.反冲时应该把流速调至底流速长时间来冲洗。
3.根据自己用的柱子情况分析到底是什么原因堵塞，可以用易溶于污染物的溶剂来清洗。目前较多的是缓冲盐盐析造成，可以用大量的水来冲洗。
4.反冲后要把柱子正过来使用，尽量避免长期反复正反使用。
5.除色谱柱有特别说明（可以反冲），一般还是不要反冲，容易把填料冲坏，非要反冲的话（倒过来接就可以了）注意时间不要太长。
反相色谱系统使用非极性添充剂，以十八烷基硅烷键合硅胶最为常用，辛基硅烷键合硅胶和其他类型的硅烷键合硅胶(如氰基硅烷键合相和氨基硅烷键合相等)，其可以反向冲洗的