方案1：依次用甲醇、异丙醇、氯仿、正己烷、氯仿、异丙醇、甲醇冲柱子（各以0.5ml/min的流速，20倍柱体积），再换流动相。这些清洗方法，主要是针对当样品中有杂质逐步吸附累积到填料上时的处理方法，色谱柱表现行为为诸如柱压增高柱效降低等。

方案2：NH2柱用于反相条件时，NH2键会水解，尤其是在该柱子pH范围以外，在极端酸性和碱性条件下柱寿命会下降很快，如果在这个条件下使用需要清洗一下，需要用10倍柱体积溶液冲洗，如下：

95％水/5％乙腈
THF四氢呋喃
95％乙腈/5％水
并保持95％乙腈/5％水继续冲洗，以低流速0.2-0.5mL/min过夜冲洗。

方案3：柱子使用一定时间后，柱效下降，老化，也可清洗一下柱子恢复柱性能,清洗时依次用10倍柱体积的下列溶液冲洗：

95％水/5％乙腈
THF四氢呋喃
95％乙腈/5％水