1. 两者都是用来补充晶体化学结构信息的, 如已知键长键角的dumping 范围 等. 两者本质上是一样的, χR χP 都会加到目标函数χ上去.
但两者的初始权重设置不同. 我个人的理解是这样的初始权重设置使得restraint 用于简单地向精修过程补充某一可精修参量 (如 来自XRF的元素总含量, 某四面体的大小 等) "在某一已知目标值左右"这一信息.
而penalty 除此之外之外还可以用在原子碰撞防止宏AI_Anti_Bump和专门用于离子晶体原子防碰撞的GRS宏(使用高中物理学的库仑力公式和比较复杂的排斥力计算公式的物理模型)中, 这两个宏中penalty不是直接作用于键长与目标值的偏离量, 而是作用于晶胞内所有原子位置的一个评估值. 所用的具体函数去看topas.inc
两者的使用很清楚地介绍在alvo4-sdpd-CRP.inp的例子和Technical reference中.
2. 不会. only_penalties 只能在没有XRD实验数据的时候, 让TOPAS 算其他一些用penality定义的规划问题时才用~