请参考以下论文：
“多肽分子疏水性的电喷雾飞行时间质谱法快速测定” <<生物化学与生物物理进展 >>2006年10期，by 周跃明 , 王伟萍 , 梁华正 , 张燮 , 陈焕文 , 陈兰慧
Prog. Biochem. Biophys, 33(10), 942-947(2006)
摘要：
分子疏水性的强弱决定于分子内非极性基团的含量.在一定的实验条件下,电喷雾所获得的信号与多肽分子内非极性基团的面积呈现良好的相关性.因此,采用电喷雾飞行时间质谱法,在数分钟之内快速测定了不同多肽之间的疏水性,所获得结果与色谱法结果一致. 

google cache有全文的Html版：
http://209.85.135.104/search?q=cache:FS2_ucPrO5QJ:www.sinoms.net/system/ewebeditor/UploadFile/200751121534662.pdf+200751121534662.pdf&hl=en&ct=clnk&cd=1

关键是你的蛋白和多肽材料是什么样的,如果表面沉积做成了薄膜就可以很容易的用接触角测量仪直接测量其与水的接触角,接触角大的当然就疏水性更好了.
还可以用酸碱平衡理论(Acid Base)计算生物材料的表面自由能.
如果有兴趣可以mail和我讨论,john_peng@edcc.com.cn