大神都不出来回答初级问题，我水平有限，说一下我的理解供你参考。
XRD是做物相分析的，不是成分分析。物相指的空间的排列。比如同样是C元素，不同的空间排列可以构成石墨、金刚石、石墨烯等等物理化学性质迥异的物质。
所以严格的说，你说S/M之后，看到有SiO2是不对的。以SiO2为例，就有非晶态、石英、鳞石英、方石英等几种物相，
Jade程序中，在Chemical Formula化学分子式的左侧，就是物相的名称，你说的石英、伊利石都是矿物名称，也是一种物相结构。
鉴定完样品的物相以后，软件可以根据RIR值，计算出一个各个物相含量来，当然，这个含量准确度不高的，单比没有含量总归好多了。这就是所谓的K值法。