水和废水中的有机碳代表许多不同的化合物及氧化状态。这些碳化合物中，有些可以经过生物或化学的过程进一步氧化，生化需氧量（BOD）及化学需氧量（COD）即用以测定这些部分。由于存在着既不为BOD也不为COD测出的有机碳，所以这些测定方法不可能是总有机碳合适的测定方法。
必须区别可吹扫【Purgeable(医)可清除的、可净化的、可吹除的】及不可吹扫的TOC，并分别报告。在燃烧—红外线法及其他方法中，用吹扫法排去无机碳时，会引起可吹扫的有机物的损失，测定结果要做为不可吹扫的TOC报告。仪器对可吹扫的及不可吹扫的有机碳都可测定，两者之和可做为真正的TOC报告。
TOC分析器提供了水和废水中存在的一般范围的总有机碳测量方法。可用热和氧气、紫外线照射、化学氧化剂或将这些方法以不同方式结合而使有机碳氧化为二氧化碳。CO2可以直接用非色散红外分析器测量，也可以还原为甲烷用氢火焰离子化检测器气相色谱仪测定，或用上述方法装备的TOC分析器测定。CO2还可以用化学滴定测量。
必须消除或补偿样品的无机碳，因为无机碳的总碳中常占很大的部分。测定总碳和总无机碳，用差减法计算总有机碳是通常用方法。这些测定取决于存在的有机碳含量及用以求其差值的两个测定值的精密度。如有机碳含量低则数值的不确定性会使其差值无意义。由于酸性溶液在吹除过程中，挥发性有机碳有损失，所以有机碳做为不可吹除的总有机碳报告。仪器测量可用于有机碳含量低的样品。
干扰：用酸化法去除碳酸盐和重碳酸盐，在用氮气或其他隋性气体吹除CO2时会造成挥发性有机物的损失。在样品混匀时，尤其是在在使样品温度升高时，挥发物也能损失。如含碳大颗粒物未能进入注射器的细针头中，则会产生另一个重要的损失。