一般的有机物基本上CE和HPLC都可以做，差别就在于用量、分辨率、分离时间上。公认的说法是说CE的分辨率更强，不过根据我个人的经验，这方面谁强谁若还真说不准。分离时间上，自从有了UPLC，CE的优势也已经没那么明显了。扯远了……

回到你说的互补方面，CE能做无机离子，而HPLC则不行。另外DNA测序方面，CE较HPLC有优势。蛋白测定方面各有所长，现在HPLC有专门用于分析蛋白质的nano柱，用量也不大，分辨率也好。相对于CE,HPLC更稳定、简单。但HPLC这个方法比CE贵，研究人员须得根据自己实验室的条件进行方法选择。