细菌的菌落通常较小，形状不一，大部分为透明有光泽的，有臭味；
放线菌是介于细菌和丝状真菌之间，又接近于细菌的一类丝状原核微生物，菌落呈放射状而得名。菌落由菌丝体组成，一般圆形，较细菌菌落大，光平获有许多褶皱，大多数有鲜艳的颜色，有土腥味，光学显微镜下观察菌落周围有放射性的菌丝，若将其放在液体培养基中培养，能在瓶壁处液面形成斑状或膜状菌落，或沉降于瓶底不使培养基浑浊；
霉菌形似放线菌，但菌丝较粗壮，形成的菌落较疏松，呈绒毛状、絮状或蜘蛛状，菌落大。
酵母菌是单细胞真核微生物，菌落与细菌相似，但较细菌菌落大而厚，菌落表面湿润，粘稠，易被挑起。闻起来有发酵的香气。