离子化效率主要取决于样品的化学物理性质、流动相组成及接口类型。
对于极性偏低的小分子，APCI 电离效果可能会好一些，但这个更取决于化合物自身的结构。
如果用ESI，下列措施可以帮助提高离子化效率，
1、用较细开口的喷雾针，产生更多更小的液滴，提高离子/分子转化比。
2、在正离子模式下，加甲酸的效果可能要好于醋酸和三氟乙酸。酸根负离子会与样品正离子结合降低离子化效率，三氟乙酸尤甚。
3、慎重选择添加剂。实验表明，商品化的LC-MS级醋酸铵、甲酸铵含有表面活性剂，抑制电离。实验中若需要，可以用氨水加酸调节而成。
4、一定要仔仔细细地调整仪器参数。
常见问题分析：
1、低流速会不会提高离子/分子转化比：要看喷雾针开口直径和样品线速度之比，这个依赖理论和经验值。对于指定的分析物和流动相，离子/分子转化比主要取决于电喷雾初始液滴的大小，这也是纳喷雾，微喷雾质谱响应度高于常规电喷雾的原因，在含高比率水相情况下，纳、微喷雾的优势更为明显。另一方面，在细径柱上分离样品，具有浓缩效应，有利于提高ESI响应值，提高对弱离子化样品的检测能力。
2、在常规分析中，正离子模式时加点酸，负离子模式加点碱。但也有例外，以最常用的+ESI-MS为例。在电喷雾过程中，伴随着电化学反应（Oxidation），产生高浓度的H+，样品即使溶解在中性甚至碱性溶液中，也能够被质子化继而被检测。流动相中加酸，很多时候是色谱分离需要。流动相添加剂（mM），如常用的醋酸、醋酸铵，三乙胺，三氟乙酸，一般对样品具有离子化抑制作用。在LC-MS分析中，色谱分离是关键一步，如果能找到合适的柱子，能够用很温和的条件分离你的样品，实验已经成功了一半。
3、正离子怕三乙酸 负离子怕三氟乙酸、七氟丁酸
4、一般酸性化合物流动相中加盐：如甲酸铵、乙酸铵，或碱（氨水）来增强化合物的离子化，一般采用负离子检测模式。
5、碱性化合物流动相中一般加酸：甲酸或乙酸，以增强化合物的离子化，一般用正离子方式检测。