超高效液相色谱法的原理与高效液相色谱法基本相同，所改变的地方有以下几点：
小颗粒、高性能微粒固定相的出现。 高效液相色谱的色谱柱，例如常见的十八烷基硅胶键合柱，它的粒径是5um，而超高效液相色谱的色谱柱，会达到3.5um，甚至1.7um。这样的孔径更加利于物质分离
（2）超高压输液泵的使用。
由于使用的色谱柱粒径减小，使用时所产生的压力也自然成倍增大。故液相色谱的输液泵也相应改变成超高压的输液泵。
（3）高速采样速度的灵敏检测器。
（4）使用低扩散、低交叉污染自动进样器。配备了针内进样探头和压力辅助进样技术；
（5）仪器整体系统优化设计。色谱工作站配备了多种软件平台，实现超高效液相分析方法与高效液相分析方法的自动转换。
与传统的HPLC相比，UPLC的速度、灵敏度及分离度分别是HPLC的9倍、3倍及1.7倍，它缩短了分析时间，同时减少了溶剂用量降低了分析成本。
不过由于实验过程中仪器内部压力过大，也会产生相对应的问题。例如泵的使用寿命会相对降低，仪器的连接部位老化速度加快，包括单向阀等部位零件容易出现问题等。
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