楼主提的问题比较多，我挑一些回答。直接进样与液相的两通是不一样的，主要还是考虑到了流动相对离子化的影响。如果从一般的MRM定量分析而言，一般情况下，通过针泵自动或者手动直接向质谱进样，主要用于摸索化合物的锥孔电压（或去簇电压等等）和碰撞能量，而接上液相、但不连色谱柱，则将流动相对离子化的影响考虑在内，主要用于离子源参数的优化。

楼主是要做定性分析，也提到成分比较多，因此是不是通过液相的分离后，再进行定性分析，会不会更好些？

液质进样体积和样品浓度依据你的样品响应情况以及所要测定的范围，但最好浓度不要太高，对一般的应用而言，100pp以内可能对质谱的污染要少些。