这个透射束和衍射束位相差π/2, 只是针对弱相位近似。通常HRTEM实际情况要复杂，所以一般是生物样品用zernike phase plate更多的用这种机理解释。

平面波入射，弱相位体， 出射波是
exp[i q(x)], 其中q(x)很小，可以将出射波展开取一阶近似，
exp]i q(x)]=1+i*q(x)
傅立叶变换到焦平面，
FT[1+i*q(x)]=Delta(k)+i q(k)

Delta(k)透射束， i q(k)衍射束
这里说的位相差 π/2 就是指的q(k)  前面的 i,
因为i可以写成 cos(π/2)+i sin(π/2)=exp[i*π/2],所以说位相差 差了π/2.

（当然这里的π/2只是一种强调再次傅立叶变换到 image plane出射波还原，并不是真的q(k)的位相， 如果q(x) 不是中心对称，q(k)是有虚部的，不过这个暂时不用考虑，因为不管有没有虚部再次傅立叶变换还是还原出射波，这里的π/2主要是强调这一点）。

关于最佳欠焦位置理解不是这样的，这主要是用 defocus补偿球差。

但是你说的原子列透射波和原子间透射波干涉形成衬度，这个类似的概念是有的。不过不是原子列衍射波和原子间透射波，是周期性grating中某一个格点的透射波和相邻格点的衍射波在某一处形成self-imaging.

不过这个概念在 HRTEM极少用到， 在x-ray里面倒是更加广泛的用到，作为一种phase contrast 的方法，你可以看一下
x-ray中的 Talbot effect可能对你有帮助。