这个其实是要具体问题具体分析的。决定流动相选择的主要是化合物的性质，其次是色谱柱的性能和离子源的选择。很多化合物的流动相选择是甲酸铵和甲醇。
目前我只能推测着说：1.液质的分析物大多产生正离子，所以0.1%甲酸可以给出正离子【H】+，可能分析物的响应更高？2.化合物在酸性条件下的色谱峰型更好？保留时间更佳？3.乙腈的沸点低于甲醇，同等比例下离子化效率更高？4.乙腈的洗脱能力强于甲醇，所以色谱峰型更佳？5.乙腈的系统压力小？
每个方法的建立都需要摸索，照搬并不能完全重现的。选择适合自己手头上的仪器和化合物的流动相才是王道。