做代谢组学的相对定量完全没有必要用内标。
原本就是以各个通道的色谱面积总和为100%，计算各物质的相对面积比。不同物质在质谱中的响应原本就有较大差异，所以才叫相对定量。内标的加入完全没有意义，反而是添乱。
关键就是三点：1.基质相同。最好是来源于同一生物体的前后对照。
        2.色谱分离度好。要把不同物质充分分离，不然代谢组学根本做不清。
          3.各物质定性准确。尤其是在结构推测时，首先推测的化合物要全面，然后根据根据分离检测的结果慢慢挑，刚刚开始做这个方面时，这个过程比建立一个定量方法艰难痛苦多了。
楼上的大概全部是做定量的多吧，内标法是做定量的思路，相对定量更偏重定性方面呢。
不知楼主做的代谢组学是哪个方向的。如果以药物而言的话，要代谢物的总量超过药物总量的三分之一以上才考虑其意义，尤其还要验证其是否具有生理活性，没有生理活性的，只能算作其主要的代谢方式，具体的意义不大。当然，如果搞研究的话，可以和什么酶的活性啊，蛋白表达啊，基因多态性结合起来做。
总之，相对定量的那个所谓定量是很粗泛的，内标就不要加了。