我的看法是PBM检索和NIST search给出的检索结果基本上是一致的。

因为两者使用相似的检索方式。NIST search提供正向检索（标准库的峰与未知谱对照，看看谱库中是否存在与未知谱相同的参考谱图）和反向检索（未知谱的峰与标准库对照，看看标准谱中的各质量峰是否出现在未知谱中。忽略在谱库不存在的未知谱上的峰。）

PBM检索也属于反检索。

这样如果使用相同的谱库，例如NIST05，两者给出的结果应该一致。我检验过许多质谱图谱，如果同一数据库（library）结果是一样的。PBM检索相对简单。而NIST search可以给出更多的信息，更细致的图谱分析。例如正检索和反检索结果，保留时间对比及文献参考，图谱解释（spectrum interpreter),同位素分析等。利用这些数据更进一步分析处理图谱。

最终的结果也要参照保留时间或保留指数，挥发油的来源等因素确认。

两种结果可以同时应用到一篇文章中，您可以说明你用过了什么检索方式。分离较好的峰可以直接用PBM检索。分离度稍差的，共流出的或本底干扰大的峰用AMDIS处理后并在Amdis上检索。好像不能在Amdis处理后用NIST search进样检索（更正：可以的）。