悬浮状细菌样品需要先离心清洗，沉降在有膜的盖玻片上，戊二醛、锇酸固定，梯度乙醇脱水，干燥处理再喷金观察。如果是培养的爬片，直接清洗固定脱水干燥处理，喷金后就可以观察了。处理过程中需要注意的是：样品一定要清洗干净，避免培养液覆盖在细菌表面影响观察效果，可以用生理盐水或者PBS清洗；可以选用Formar膜（制备相对复杂，但沉降效果较好），也可以用镀金膜的盖玻片（制备方便，沉降效果一般）；沉降时间要适度，太短的话沉降的细菌较少，贴附也不紧密，时间太长的话细菌形态会受影响；再有就是在戊二醛固定过程中可以把盖玻片轻轻左右晃动几次，使之分布均匀，以避免沉降的细菌团聚在一起；在脱水干燥过程中应尽量避免脱水剂对盖玻片的直接冲击，可从周围贴壁加入脱水剂。