API4000定量分析方法的建立：
一、Q1 scan
　　1、用手动注射泵进样，流速设5ul/min，标准样浓度约1pmol/ul；
　　2、初调GS1和DP（使喷雾平稳、分析化合物信号灵敏度较高），GS1一般从10开始，一般用14。
　　3、Acquire采集并保存Q1MS做1.5分钟，确定化合物的母离子，（一定要找准，精确至小数点后一位数）

二、product ion
　　1、手动调节CE参数，使母离子具有一定强度，一般以母离子的强度占图谱中基峰强度的1/3到1/4为宜。
　　2、点击Acquire,采集并保存MS2，确定化合物的子离子：在质谱图区域，点击右键“Open File”打开图谱，选择2个最高响应值的子离子，局部放大，确定子离子的质荷比，准确到0.1amu(以半峰宽为准)

三、MRM优化
　　以前两步选好的母离子、子离子组成离子对输入到右边的表格中，做MRM Scan,每个离子对的分析时间设100或200ms。（几对离子可同时优化）
　　通过Edit Ramp,分别优化Compound项下的各参数，如DP、EP、CE、CXP。
　　1、先优化DP找出各对离子的最好的DP值；
　　2、将每对离子的DP值增加填入右边的表格中，然后优化CE找出各对离子最好的CE值；
　　3、将每对离子的CE值增加填入右边的表格中，然后再对DP进行优化，将表格中第一次的DP值进行修改；
　　4、修改过DP值后再对CE进行一次优化并将新的CE值填入表格中；
　　5、对每对离子的EP进行优化；
　　6、对每对离子的CXP进行优化；
　　7、保存MRM方法。

四、将MRM方法转化为LC-MS/MS方法
　　1、连接液相后将现有的质谱体系deactivte激活LCMS，打开先前保存的MRM方法，右键显示方法左边导引条中第一行Acquire Method，点击Add/Remove Device Method添加泵、自动进样器等相关模块，选中方法左边导引条中第一行Acquire Method参数页，设置色谱同步（LC SYNC）。
　　2、设置色谱参数，分析时间一般为0.8-1.0min，流动相组成和流量与实际样品分析时相同；修改质谱分析时间（Duration,一般设置0.8-1.0min，）与色谱参数一致；设置GS1、GS2、TEM初始值为40、40、500左右，保存方法。
　　3、将化合物溶液稀释100-1000倍，在Tune模式下，双击Quantitative Optimization,选择FIA分析，根据向导进行自动优化。
　　4、将FIA自动优化后的最优的GS1、GS2、TEM值填入方法中。

五、色谱条件优化
　　接好色谱柱，关掉Tune，在Acquire栏下调出上一步优化好的方法，根据色谱柱规格和待分析体系的复杂程度设置液相流动相比例及分析时间和质谱分析时间，或编辑洗脱梯度，保存方法。

参考资料：LC-MS/MS定量分析一般步骤-李立军


API3200应该步骤也差不多，欢迎大家修正及补充……